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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sxp | ||||||
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タイトル | BGT in complex with a 13mer DNA containing a central A:G mismatch | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / flipped-out base / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / virus-mediated perturbation of host defense response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lariviere, L. / Morera, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural evidence of a passive base flipping mechanism for {beta}-Glucosyltransferase 著者: Lariviere, L. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 496.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#1: DNA鎖 | 分子量: 4023.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3941.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 40719.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: BGT, BETA-GT / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 243分子 ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
溶液の組成 | 名称: PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日 |
放射 | モノクロメーター: 0.97 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 32619 / Num. obs: 31422 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.075 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.63 Å / Rsym value: 0.34 / % possible all: 94.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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