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- PDB-1swt: CORE-STREPTAVIDIN MUTANT D128A IN COMPLEX WITH BIOTIN AT PH 4.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1swt
タイトルCORE-STREPTAVIDIN MUTANT D128A IN COMPLEX WITH BIOTIN AT PH 4.5
要素PROTEIN (STREPTAVIDIN)
キーワードBINDING PROTEIN / BIOTIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Freitag, S. / Le Trong, I. / Chu, V. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: A structural snapshot of an intermediate on the streptavidin-biotin dissociation pathway.
著者: Freitag, S. / Chu, V. / Penzotti, J.E. / Klumb, L.A. / To, R. / Hyre, D. / Le Trong, I. / Lybrand, T.P. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S.
履歴
登録1998年10月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9634
ポリマ－26,4752
非ポリマー4892
水1,874104
1
A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
B: PROTEIN (STREPTAVIDIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9278
ポリマ－52,9494
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.700, 84.800, 50.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (STREPTAVIDIN)


分子量: 13237.326 Da / 分子数: 2 / 変異: D128A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 4.5
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
解説: T7 EXPRESSION SYSTEM (PET-210, NOVAGEN, INC., MADISON,WI. SYNTHETIC GENE)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化pH: 4.5
詳細: INCUBATED IN 2.5 M BIOTIN/HOH, COCRYSTALLIZED IN 52% MPD (PH 4.5)
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
250 %MPD1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14716 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 43
反射
*PLUS
% possible obs: 88 % / Num. measured all: 39212
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 43 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
SADIEデータ削減
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SWA

1swa


解像度: 2→10 Å / Num. parameters: 7549 / Num. restraintsaints: 7497 / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1471 10 %EVERY 10TH REFLECTION
all0.214 14716 --
obs0.209 -88 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 1675 / Occupancy sum non hydrogen: 1886.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 32 104 1887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.166
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.156 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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