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万見
- PDB-1svy: SEVERIN DOMAIN 2, 1.75 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1svy
タイトルSEVERIN DOMAIN 2, 1.75 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE
要素SEVERIN
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING / CYTOSKELETON / GELSOLIN / SEVERIN / VILLIN / CALCIUM / PIP2
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament severing activity / actin filament fragmentation / Neutrophil degranulation / actin filament severing / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / actin filament bundle assembly / actin monomer binding / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding ...actin filament severing activity / actin filament fragmentation / Neutrophil degranulation / actin filament severing / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / actin filament bundle assembly / actin monomer binding / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Puius, Y.A. / Fedorov, E.V. / Eichinger, L. / Sullivan, M. / Schleicher, M. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Mapping the functional surface of domain 2 in the gelsolin superfamily.
著者: Puius, Y.A. / Fedorov, E.V. / Eichinger, L. / Schleicher, M. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of Severin Domain 2 in Solution
著者: Schnuchel, A. / Wiltscheck, R. / Eichinger, L. / Schleicher, M. / Holak, T.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Characterization of Actin-and Lipid-Binding Domains in Severin, a Ca(2+)-Dependent F-Actin Fragmenting Protein
著者: Eichinger, L. / Schleicher, M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Severin, Gelsolin, and Villin Share a Homologous Sequence in Regions Presumed to Contain F-Actin Severing Domains
著者: Andre, E. / Lottspeich, F. / Schleicher, M. / Noegel, A.
履歴
登録1998年8月10日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEVERIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3403
ポリマ－12,2771
非ポリマー632
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.352, 49.218, 62.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SEVERIN


分子量: 12276.842 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10733
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 Msodium citrate1reservoir
2100 mMHEPES1reservoir
320 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.2
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 10235 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / % possible all: 77.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES-95モデル構築
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASESV. 95位相決定
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: ISOTROPIC SOLVENT MASK
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1062 10.4 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.1838 10177 93.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数773 0 2 114 889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3197 107 10.2 %
Rwork0.2736 939 -
obs--77.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2462
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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