+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1svp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN | ||||||
![]() | SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN / CHYMOTRYPSIN-LIKE SERINE / MUTANT / COAT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() icosahedral viral capsid, spike / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / membrane fusion / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...icosahedral viral capsid, spike / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / membrane fusion / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lee, S. / Rossmann, M.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a protein binding site on the surface of the alphavirus nucleocapsid and its implication in virus assembly. 著者: Lee, S. / Owen, K.E. / Choi, H.K. / Lee, H. / Lu, G. / Wengler, G. / Brown, D.T. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J. #1: ![]() タイトル: Refined Structure of Sindbis Virus Core Protein and Comparison with Other Chymotrypsin-Like Serine Proteinase Structures 著者: Tong, L. / Wengler, G. / Rossmann, M.G. #2: ![]() タイトル: The Structure Determination of Sindbis Virus Core Protein Using Isomorphous Replacement and Molecular Replacement Averaging between Two Crystal Forms 著者: Tong, L. / Choi, H.-K. / Minor, W. / Rossmann, M.G. #3: ![]() タイトル: Structure of Sindbis Virus Core Protein Reveals a Chymotrypsin-Like Serine Proteinase and the Organization of the Virion 著者: Choi, H.K. / Tong, L. / Minor, W. / Dumas, P. / Boege, U. / Rossmann, M.G. / Wengler, G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999566, 0.003141, -0.029297), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17560.838 Da / 分子数: 2 断片: MET 106 - ALA 264 OF THE NATIVE SINDBIS CAPSID PROTEIN 変異: DEL(1-105), S215A, INS(S265,A266) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Alphavirus / 解説: T7 RNA POLYMERASE / 遺伝子: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN / プラスミド: PET11A / 遺伝子 (発現宿主): SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03316, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Boege, U., (1989) J. Mol. Biol., 208, 79. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月22日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 2.63 % / Rmerge(I) obs: 0.036 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2→5 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|