PDB-1stz: Crystal structure of a hypothetical protein at 2.2 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1stz

タイトル

Crystal structure of a hypothetical protein at 2.2 A resolution

要素

Heat-inducible transcription repressor hrcA homolog

キーワード

TRANSCRIPTION / Hrca / circe element / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Liu, J. / Adams, P.D. / Shin, D.-H. / Huang, C. / Yokota, H. / Jancarik, J. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a heat-inducible transcriptional repressor HrcA from Thermotoga maritima: structural insight into DNA binding and dimerization.
著者: Liu, J. / Huang, C. / Shin, D.H. / Yokota, H. / Jancarik, J. / Kim, J.S. / Adams, P.D. / Kim, R. / Kim, S.H.

履歴

登録	2004年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1stz.cif.gz	203.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1stz.ent.gz	165.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1stz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1stz_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1stz_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	1stz_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	1stz_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1stz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1stz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1su0
類似構造データ	4orh-1 4orh-2 2ocw-d 7aro-1 6p66-2 23347 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BSGCAIR30318

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat-inducible transcription repressor hrcA homolog

B: Heat-inducible transcription repressor hrcA homolog

C: Heat-inducible transcription repressor hrcA homolog

118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.295, 115.295, 185.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Heat-inducible transcription repressor hrcA homolog 分子量: 39365.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: HRCA, TM0851 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZV5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 50 mM Sodium Acetate, 2.0 M Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月21日
放射	モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 72907 / Num. obs: 66929 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	最高解像度: 2.2 Å / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 6.458 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25753	2983	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21494	-	-	-
obs	0.21709	55577	91.7 %	-
all	-	60607	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7716	0	0	450	8166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7841
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.991	10540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.779	3	17374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.957	5	940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	8696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.232	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.612	1.5	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.18	2	7610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.706	3	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.973	4.5	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.306	203
R_work	0.238	4057

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5606	0.8292	-0.2928	7.2249	-0.3058	8.7368	0.0603	-0.4682	0.6915	0.959	-0.1511	-0.2022	-1.1454	0.458	0.0908	0.3307	-0.0316	0.0151	0.0942	-0.0235	0.1052	21.4197	56.541	166.7236
2	0.9809	0.009	0.707	15.0593	0.7259	5.1462	0.0652	-0.0571	-0.0407	0.1344	-0.0045	-0.2464	0.3391	0.3482	-0.0606	0.2543	0.0736	-0.0169	0.0422	0.0319	0.0785	19.167	134.7117	129.6629
3	9.986	-3.7013	-1.2495	11.701	-1.4255	5.5004	-0.5217	-0.3542	-1.2597	0.1219	0.3132	0.6991	1.0839	0.133	0.2085	0.3663	0.281	0.1164	0.3444	0.1245	0.3296	55.9583	16.928	141.9808
4	0.8189	0.237	0.2899	1.2109	-0.3083	4.8313	-0.0496	0.1855	-0.0919	-0.2872	0.0706	0.0811	0.3561	0.0965	-0.021	0.0314	0.0271	0.0313	0.0265	0.0385	0.0725	19.6184	44.4388	128.1973
5	0.7936	-0.4481	0.1538	5.5852	0.5129	0.7668	0.0366	0.0275	0.1123	-0.3205	-0.0161	0.1704	-0.171	-0.0143	-0.0204	0.1415	-0.0291	-0.0047	0.0901	0.0388	0.0625	24.2323	94.8689	128.8812
6	2.2695	-2.0617	2.7854	2.7782	-3.1416	4.288	-0.0906	0.1158	0.1994	-0.1349	-0.1651	-0.3107	0.0679	0.4435	0.2557	0.1433	0.0966	0.0858	0.1855	0.0152	0.1385	39.3365	48.36	122.4929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 95	15 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	15 - 95	15 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	15 - 95	15 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	111 - 335	111 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	111 - 335	111 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	111 - 335	111 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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