PDB-1st9: Crystal Structure of a Soluble Domain of ResA in the Oxidised Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1st9

タイトル

Crystal Structure of a Soluble Domain of ResA in the Oxidised Form

要素

Thiol-disulfide oxidoreductase resA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like Domain / Alpha-Beta Protein / Soluble Domain / Membrane Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Crow, A. / Acheson, R.M. / Le Brun, N.E. / Oubrie, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of Redox-coupled Protein Substrate Selection by the Cytochrome c Biosynthesis Protein ResA.
著者: Crow, A. / Acheson, R.M. / Le Brun, N.E. / Oubrie, A.

履歴

登録	2004年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1st9.cif.gz	139.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1st9.ent.gz	109.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1st9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1st9_validation.pdf.gz	447 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1st9_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	1st9_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	1st9_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1st9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1st9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1su9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h1d-2 2h1g-1 3c73-1 1s4r-d 2h1b-3 1su9-1 1oti-d 1su9-2 2pyp-d 2phy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

ヘテロ分子

32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.008, 61.008, 165.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

Biological Unit is a Monomer of ResA

#1: タンパク質	Thiol-disulfide oxidoreductase resA 分子量: 15942.131 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: RESA, BSU23150 / プラスミド: pRAN8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35160
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 24-27% PEG 4000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate pH 4.8 - 5.8, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	BESSY	14.1	1	0.9791, 0.9793, 0.9184
シンクロトロン	ESRF	BM14	2	0.8856

検出器

タイプ	ID	検出器
MARRESEARCH	1	CCD
MARRESEARCH	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9793	1
3	0.9184	1
4	0.8856	1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 68355 / Num. obs: 67398 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 26

反射シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique all: 5905 / R_sym value: 0.446 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Se-Met Protein Model obtained by MAD methods

解像度: 1.5→28.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / SU B: 0.485 / SU ML: 0.019 / Isotropic thermal model: Individual Atomic Anisotropic B / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.053 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 5% of the data was used as 'Rfree' throughout refinement to give Rfree=15, Rwork=12.3. Subsequently, a final round of refinement using all ...

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.12253	-	-
obs	0.12253	55508	99.98 %
all	-	55508	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2199	0	16	434	2649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.946	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.273	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.324	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.399	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.634	1.5	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.464	2	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.674	3	897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.268	4.5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.076	1	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	12.815	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.224	5	2215

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.135	4095	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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