PDB-1st7: Solution structure of Acyl Coenzyme A Binding Protein from yeast

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1st7

タイトル

Solution structure of Acyl Coenzyme A Binding Protein from yeast

要素

Acyl-CoA-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Four helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / very long-chain fatty acid biosynthetic process / long-chain fatty acyl-CoA binding / fatty acid metabolic process / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / Simulated annealing, CHARMM22 water refinement

データ登録者

Teilum, K. / Thormann, T. / Caterer, N.R. / Poulsen, H.I. / Jensen, P.H. / Knudsen, J. / Kragelund, B.B. / Poulsen, F.M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Different secondary structure elements as scaffolds for protein folding transition states of two homologous four-helix bundles
著者: Teilum, K. / Thormann, T. / Caterer, N.R. / Poulsen, H.I. / Jensen, P.H. / Knudsen, J. / Kragelund, B.B. / Poulsen, F.M.

履歴

登録	2004年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1st7.cif.gz	537.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1st7.ent.gz	451.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1st7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1st7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1st7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aca 1hbk 1nti 2abd
類似構造データ	1bxp-d 4dm5-1 2mgr-d 2btx-d 3ie4-2 6kf8-1 4dm5-3 1qd3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA-binding protein

9.94 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Acyl-CoA-binding protein / ACBP 分子量: 9943.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ACB1, ACB, YGR037C / プラスミド: pETACBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLyS / 参照: UniProt: P31787

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 2.5 mM U-15N,13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 6.75 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.8	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.8	Brunger	精密化

精密化

手法: Simulated annealing, CHARMM22 water refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 1040 NOE-derived distance constraints, 133 dihedral angle constraints, 13 distance constraints from hydrogen bonds

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)