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- PDB-1ssz: Conformational Mapping of Mini-B: An N-terminal/C-terminal Constr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ssz
タイトルConformational Mapping of Mini-B: An N-terminal/C-terminal Construct of Surfactant Protein B Using 13C-Enhanced Fourier Transform Infrared (FTIR) Spectroscopy
要素Pulmonary surfactant-associated protein B
キーワードSURFACE ACTIVE PROTEIN / LUNG SURFACTANT PROTEIN / SAPOSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective pro-SFTPB causes SMDP1 and RDS / multivesicular body lumen / lamellar body / alveolar lamellar body / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / clathrin-coated endocytic vesicle / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism ...Defective pro-SFTPB causes SMDP1 and RDS / multivesicular body lumen / lamellar body / alveolar lamellar body / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / clathrin-coated endocytic vesicle / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / multivesicular body / animal organ morphogenesis / lysosome / endoplasmic reticulum membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains ...Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pulmonary surfactant-associated protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法赤外分光 / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Waring, A.J. / Walther, F.J. / Gordon, L.M. / Hernandez-Juviel, J.M. / Hong, T. / Sherman, M.A. / Alonso, C. / Alig, T. / Braun, A. / Bacon, D. / Zasadzinski, J.A.
引用ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 2005
タイトル: The role of charged amphipathic helices in the structure and function of surfactant protein B.
著者: Waring, A.J. / Walther, F.J. / Gordon, L.M. / Hernandez-Juviel, J.M. / Hong, T. / Sherman, M.A. / Alonso, C. / Alig, T. / Braun, A. / Bacon, D. / Zasadzinski, J.A.
履歴
登録2004年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_details / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_refine / struct
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_exptl.conditions_id / _pdbx_nmr_refine.method / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _struct.title
Remark 250EXPERIMENTAL DETAILS. EXPERIMENT TYPE : INFRARED SPECTROSCOPY. TEMPERATURE : 298 PRESSURE : ambient ...EXPERIMENTAL DETAILS. EXPERIMENT TYPE : INFRARED SPECTROSCOPY. TEMPERATURE : 298 PRESSURE : ambient SAMPLE CONTENTS : THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES 3,6,7,8,11,13,15,16,18,19,22,25,26,29,30. peptide self-film solvated with hexafluoroispropanol:D20, 9:1 FTIR EXPERIMENTS CONDUCTED : distance geometry; simulated annealing SPECTROMETER MODEL : vector 22 FTIR SPECTROMETER MANUFACTURER : BRUKER STRUCTURE DETERMINATION. SOFTWARE USED : Winfirst, MODELLER 6.3, CHARMM 22 METHOD USED : distance geometry; simulated annealing CONFORMERS, NUMBER CALCULATED : 75 CONFORMERS, NUMBER SUBMITTED : 10 CONFORMERS, SELECTION CRITERIA : structures with acceptable covalent geometry BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE : 1 REMARK: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM 13-C INDUCED SPECTRAL SHIFTS WHICH GIVE RESIDUE-SPECIFIC SECONDARY STRUCTURE INFORMATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9341
ポリマ－3,9341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 75structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / 6 kDa protein / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPLPhe / 18 kDa pulmonary- ...SP-B / 6 kDa protein / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPLPhe / 18 kDa pulmonary-surfactant protein


分子量: 3934.022 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 208-218, 263-278 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07988

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実験情報

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実験

実験手法: 赤外分光
NMR実験タイプ: FTIR

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試料調製

詳細内容: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES ...内容: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES 3,6,7,8,11,13,15,16,18,19,22,25,26,29,30.
溶媒系: peptide self-film solvated with hexafluoroispropanol:D20, 9:1
試料状態圧: ambient / 温度: 298

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker vector 22 FTIR / 製造業者: Bruker / モデル: vector 22 FTIR

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
WinfirstFTIR curve fitting softwareKauppine et al.データ解析
MODELLER6.2Sali et al.構造決定
CHARMM22Brooks et al.精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM 13-C INDUCED SPECTRAL SHIFTS WHICH GIVE RESIDUE-SPECIFIC SECONDARY STRUCTURE INFORMATION.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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