PDB-1ssn: STAPHYLOKINASE, SAKSTAR VARIANT, NMR, 20 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ssn

タイトル

STAPHYLOKINASE, SAKSTAR VARIANT, NMR, 20 STRUCTURES

要素

STAPHYLOKINASE

キーワード

HYDROLASE / STAPHYLOKINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated activation of host plasminogen / symbiont-mediated suppression of host complement activation by activation of host proteases / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Ohlenschlager, O. / Ramachandran, R. / Guhrs, K.H. / Schlott, B. / Brown, L.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Nuclear magnetic resonance solution structure of the plasminogen-activator protein staphylokinase.
著者: Ohlenschlager, O. / Ramachandran, R. / Guhrs, K.H. / Schlott, B. / Brown, L.R.

履歴

登録	1998年6月7日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ssn.cif.gz	893.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ssn.ent.gz	729.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ssn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ssn_validation.pdf.gz	352.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ssn_full_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示
XML形式データ	1ssn_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	1ssn_validation.cif.gz	64.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ssn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ssn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4iwb-2 1amx-d 7kwy-d 1sld-d 2qf4-2 3eab-3 4l3u-d 3zh7-2 5u28-d 2rjl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: STAPHYLOKINASE

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル

#1: タンパク質	STAPHYLOKINASE / SAK 分子量: 15517.610 Da / 分子数: 1 / 変異: SAKSTAR VARIANT / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: TAQ PROMOTOR / プラスミド: PMEX602SAKB / 遺伝子 (発現宿主): TAQ PROMOTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P68802

#1: タンパク質

STAPHYLOKINASE / SAK

分子量: 15517.610 Da / 分子数: 1 / 変異: SAKSTAR VARIANT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: TAQ PROMOTOR / プラスミド: PMEX602SAKB / 遺伝子 (発現宿主): TAQ PROMOTOR / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P68802

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細	Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HETERO-NUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON A 15N- AND A 13C, 15N-LABELED SAMPLE

-
試料調製

詳細	内容: WATER
試料状態	pH: 6.7 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA750 / 製造業者: Varian / モデル: INOVA750 / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DYANA	モデル構築
AMBER	精密化
DYANA	精密化

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	4.1	PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN	精密化
DYANA			構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ENERGY MINIMIZED DISTANCE GEOMETRY STRUCTURES

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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