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- PDB-1sse: Solution structure of the oxidized form of the Yap1 redox domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sse
タイトルSolution structure of the oxidized form of the Yap1 redox domain
要素(AP-1 like transcription factor YAP1) x 2
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / disulfide bond / nuclear export signal / NES / redox-regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to singlet oxygen / response to arsenic-containing substance / response to cadmium ion / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding ...regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to singlet oxygen / response to arsenic-containing substance / response to cadmium ion / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YAP1 redox domain. Chain B / Transcription factor PAP1 / Yap1 redox domain superfamily / Transcription factor PAP1 / : / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain ...YAP1 redox domain. Chain B / Transcription factor PAP1 / Yap1 redox domain superfamily / Transcription factor PAP1 / : / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-1-like transcription factor YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Wood, M.J. / Storz, G. / Tjandra, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for redox regulation of Yap1 transcription factor localization.
著者: Wood, M.J. / Storz, G. / Tjandra, N.
履歴
登録2004年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-1 like transcription factor YAP1
B: AP-1 like transcription factor YAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5852
ポリマ－13,5852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100Stuctures with the lowest energy and no NOE or dihedral violations > 0.5 A and 5 degrees, respectively.
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AP-1 like transcription factor YAP1 / Phenanthroline resistance protein PAR1 / Pleiotropic drug resistance protein PDR4


分子量: 4128.429 Da / 分子数: 1 / 断片: n-CRD, residues 279-313 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YAP1, SNQ3, PAR1, PDR4, YML007W, YM9571.12 / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19880
#2: タンパク質 AP-1 like transcription factor YAP1 / Phenanthroline resistance protein PAR1 / Pleiotropic drug resistance protein PDR4


分子量: 9456.393 Da / 分子数: 1 / 断片: c-CRD, residues 565-650 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YAP1, SNQ3, PAR1, PDR4, YML007W, YM9571.12 / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19880
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1214D 13C/15N-separated NOESY
131HN(CA)CB
141Experiments for residual dipolar coupling measurements
1524D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Residual dipolar couplings (DN-H and DCaH) were measured in a solution composed of PF1 phage.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM U-15N; U-15N & 13C.10 mM NaPhos, 20 mM NaCL, 10% D2O
20.8 mM U-15N & 13C.10 mM NaPhos, 20 mM NaCL, 100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1解析
PIPP4.2.8解析
XwinNMR2.5collection
XPLOR-NIH2.0.6Brunger & SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA, CLORE精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Yap1-RD structures were calculated with 1103 NOE distance restraints, 54 hydrogen bond restraints, 92 dihedral angle restraints and 93 residual dipolar couplings. Residues 279-300 and 565-592 are disordered.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Stuctures with the lowest energy and no NOE or dihedral violations > 0.5 A and 5 degrees, respectively.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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