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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sr7 | ||||||
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タイトル | Progesterone Receptor Hormone Binding Domain with Bound Mometasone Furoate | ||||||
要素 | Progesterone receptorプロゲステロン受容体 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / progesterone receptor (プロゲステロン受容体) / mometasone (モメタゾン) / progesterone (プロゲステロン) / nuclear receptor (核内受容体) / hormone receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of phosphorylation / 傍分泌 / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of phosphorylation / 傍分泌 / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | ||||||
データ登録者 | Madauss, K.P. / Deng, S.-J. / Austin, R.J. / Lambert, M.H. / McLay, I. / Pritchard, J. / Short, S.A. / Stewart, E.L. / Uings, I.J. / Williams, S.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Progesterone receptor ligand binding pocket flexibility: crystal structures of the norethindrone and mometasone furoate complexes 著者: Madauss, K.P. / Deng, S.-J. / Austin, R.J. / Lambert, M.H. / McLay, I. / Pritchard, J. / Short, S.A. / Stewart, E.L. / Uings, I.J. / Williams, S.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sr7.cif.gz | 122.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sr7.ent.gz | 93.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sr7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sr7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29795.875 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGR, NR3C3 / プラスミド: phisGST-PR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: P06401 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 1000, Li2SO4, hepes, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→20 Å / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.46 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 8772 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A28 解像度: 1.46→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.419 / SU ML: 0.052 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -5 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.593 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.46→1.501 Å / Total num. of bins used: 20 /
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