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万見
- PDB-1sr4: Crystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distendin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sr4
タイトルCrystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distending toxin
要素
  • Cytolethal distending toxin subunit A
  • cytolethal distending toxin protein B
  • cytolethal distending toxin protein C
キーワードTOXIN / bacterial / Haemophilus ducreyi / virulence / DNA Damage / genotoxin / cytotoxins / Cell Cycle / Apoptosis / lectin / Deoxyribonuclease I
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Cytolethal distending toxin A/C / Cytolethal distending toxin A / Cytolethal distending toxin A/C domain / Cytolethal distending toxin B / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Lectin domain of ricin B chain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily ...Cytolethal distending toxin A/C / Cytolethal distending toxin A / Cytolethal distending toxin A/C domain / Cytolethal distending toxin B / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Lectin domain of ricin B chain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / 4-Layer Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Cytolethal distending toxin subunit A / Cytolethal distending toxin protein B / Cytochrome C oxidase subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus ducreyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nesic, D. / Hsu, Y. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Assembly and Function of a Bacterial Genotoxin
著者: Nesic, D. / Hsu, Y. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2004年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytolethal distending toxin subunit A
B: cytolethal distending toxin protein B
C: cytolethal distending toxin protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,32029
ポリマ－70,2433
非ポリマー2,07826
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.652, 75.653, 121.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytolethal distending toxin subunit A / CDT A


分子量: 22873.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア)
遺伝子: CDTA, HD0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06522
#2: タンパク質 cytolethal distending toxin protein B / CDT B


分子量: 28989.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06523
#3: タンパク質 cytolethal distending toxin protein C / CDT C


分子量: 18379.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06524
#4: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-25% PEG MME 5000, 25-30% glycerol, 0.1M imidazole, 2mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 113.1 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.92 Å
放射モノクロメーター: Monochromator: Double crystal monochromator with fixed exit geometry; Bragg angle range is 7.55 degrees - 28 degrees; sagitally focusing Si(111) crystals, high precision ...モノクロメーター: Monochromator: Double crystal monochromator with fixed exit geometry; Bragg angle range is 7.55 degrees - 28 degrees; sagitally focusing Si(111) crystals, high precision rotary energy scale; operates in high vacuum; located 9.6 meters from the source. Mirror: For harmonics rejection and vertical focusing (0.08 mm FWHM); flat cylindrically bent mirror; independent choice of mirror angle and focal length; located 11 meters from the source
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99 Å / Num. all: 45190 / Num. obs: 45190 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2232 5 %Random
Rwork0.182 ---
all0.182 45402 --
obs0.182 44954 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4536 0 26 477 5039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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