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- PDB-6j1f: Crystal structure of HypX from Aquifex aeolicus in complex with T... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j1f | ||||||
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Title | Crystal structure of HypX from Aquifex aeolicus in complex with Tetrahydrofolic acid | ||||||
![]() | (Hydrogenase regulation ...) x 2 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Hydrogenase / maturation / carbon monoxide | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muraki, N. / Aono, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural characterization of HypX responsible for CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase. Authors: Muraki, N. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Itoh, S.G. / Okumura, H. / Aono, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 473.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 386.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6j0pSC ![]() 6j1eC ![]() 6j1gC ![]() 6j1hC ![]() 6j1iC ![]() 6j1jC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Hydrogenase regulation ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 67766.445 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: VF5 / Gene: hoxX, aq_1156 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 67019.500 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: VF5 / Gene: hoxX, aq_1156 / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 201 molecules ![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/THG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/THG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-THG / ( | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG3350, HEPES-NaOH, Glycerol / PH range: 7.0-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: May 26, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 84116 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 15.24 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.861 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8275 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.934 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6J0P Resolution: 2.1→42.314 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.314 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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