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- PDB-1sqe: 1.5A Crystal Structure Of the protein PG130 from Staphylococcus a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqe
タイトル1.5A Crystal Structure Of the protein PG130 from Staphylococcus aureus, Structural genomics
要素hypothetical protein PG130
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (staphylobilin-producing) / iron import into cell / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heme oxygenase IsdG / : / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heme oxygenase (staphylobilin-producing) 2
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhang, R. / Wu, R. / Joachimiak, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Staphylococcus aureus IsdG and IsdI, heme-degrading enzymes with structural similarity to monooxygenases
著者: Wu, R. / Skaar, E.P. / Zhang, R. / Joachimiak, G. / Gornicki, P. / Schneewind, O. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PG130
B: hypothetical protein PG130


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8892
ポリマ－25,8892
非ポリマー00
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.233, 38.013, 61.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細This protein existed as dimer. MolA and MolB represents the dimer in asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PG130


分子量: 12944.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MU50 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99X56
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
解説: FRIEDEL PAIRS WERE USED IN DETERMINING THIS STRUCTURE
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.25M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9798, 0.94656
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97981
30.946561
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 65616 / Num. obs: 59383 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.78 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 23.29
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 2589 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 360920.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: FRIEDEL PAIRS WERE USED IN DETERMINING THIS STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2922 4.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.213 65616 --
obs0.203 59383 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2343 Å2 / ksol: 0.362331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å22.31 Å2
2---1.81 Å20 Å2
3---1.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 0 231 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.64
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 386 4.9 %
Rwork0.288 7524 -
obs--72.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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