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Yorodumi- PDB-4eqq: Structure of Ltp, a superinfection exclusion protein from the Str... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eqq | ||||||
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Title | Structure of Ltp, a superinfection exclusion protein from the Streptococcus thermophilus temperate phage TP-J34 | ||||||
Components | Putative host cell surface-exposed lipoprotein | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / HTH fold / superinfection exclusion / lipoprotein ektodomain | ||||||
Function / homology | Function and homology information Putative host cell surface-exposed lipoprotein Ltp-like, HTH region / Host cell surface-exposed lipoprotein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Streptococcus phage TP-J34 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Bebeacua, C. / Lorenzo, C. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Heller, K. / Cambillau, C. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2013 Title: X-ray structure of a superinfection exclusion lipoprotein from phage TP-J34 and identification of the tape measure protein as its target. Authors: Bebeacua, C. / Lorenzo Fajardo, J.C. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Bollmann, S. / Neve, H. / Cambillau, C. / Heller, K.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4eqq.cif.gz | 97.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4eqq.ent.gz | 75.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4eqq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4eqq_validation.pdf.gz | 450.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4eqq_full_validation.pdf.gz | 450.6 KB | Display | |
Data in XML | 4eqq_validation.xml.gz | 13.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4eqq_validation.cif.gz | 19.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12068.291 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: Ltp from the Streptococcus thermophilus temperate phage TP-J34, ektodomain (unp residues 44-142) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GST cleaved, leaving a 8 residues cloning artefact / Source: (gene. exp.) Streptococcus phage TP-J34 (virus) / Gene: Ltp / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: O48388 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.55 Å3/Da / Density % sol: 65.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: The perecipitant liquor contained Ammonium sulfate 1.50M in tri-Sodium citrate 00.15M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.95373 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 3, 2012 |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95373 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. all: 22479 / Num. obs: 22479 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 26.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1635 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.05→22.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9592 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9538 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 37.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.199 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→22.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.15 Å / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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