PDB-1sn5: Crystal Structure of Sea Bream Transthyretin in complex with Trii...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sn5

タイトル

Crystal Structure of Sea Bream Transthyretin in complex with Triiodothyronine at 1.90A Resolution

要素

transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Sparus aurata (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Eneqvist, T. / Lundberg, E. / Karlsson, A. / Huang, S. / Cantos, C.R. / Power, D.M. / Sauer-Eriksson, A.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High resolution crystal structures of piscine transthyretin reveal different binding modes for triiodothyronine and thyroxine.
著者: Eneqvist, T. / Lundberg, E. / Karlsson, A. / Huang, S. / Santos, C.R. / Power, D.M. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2004年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Data collection
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sn5.cif.gz	110.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sn5.ent.gz	85.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sn5_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sn5_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	1sn5_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	1sn5_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sn0C 1sn2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sn0-d 6gnm-d 1e3f-1 6gon-d 3djr-1 7acu-1 4ik7-1 5fw8-1 1soq-3 6gno-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: transthyretin

B: transthyretin

C: transthyretin

D: transthyretin

ヘテロ分子

57.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.284, 58.284, 138.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	transthyretin 分子量: 14027.579 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sparus aurata (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTT3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-T3 / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / T3 / THYROID HORMONE / LIOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン分子量: 650.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂I₃NO₄ / コメント: ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 1550 MME, sodium citrate, ammonium sulphate, nickel sulphate, crystals were soaked in triiodothyronine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 36032 / Num. obs: 36032 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.054
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.434 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.858 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21081	3405	9.9 %	RANDOM
R_work	0.1729	-	-	-
all	0.1765	36032	-	-
obs	0.17658	31100	95.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3529	0	51	336	3916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.96	5133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3	7501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.008	3	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.357	15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.3	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.3	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.079	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.324	0.3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.332	0.3	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.607	0.5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.808	1.5	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.508	2	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.813	3	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.018	4.5	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.296	229
R_work	0.213	2020

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3803	-0.0359	0.2096	0.569	0.2791	0.7836	-0.0014	-0.0021	0.0586	-0.0495	0.0295	-0.0907	0.0018	0.021	-0.0281	0.1454	0.0018	0.0095	0.1161	-0.0031	0.1257	-47.4065	-11.7553	-18.6348
2	0.6281	-0.0857	-0.0096	0.6484	-0.3143	0.5097	-0.0028	-0.0155	0.0544	0.0657	0.0555	0.0722	0.0112	-0.0342	-0.0527	0.148	-0.0003	0.0088	0.1193	0.0054	0.1224	-67.6437	-12.2818	-16.9522
3	0.5147	-0.0223	0.0174	1.6673	0.1035	0.4195	0.0005	-0.0162	-0.0088	-0.052	0.0558	-0.1468	0.073	0.0363	-0.0563	0.1831	0.0105	-0.024	0.088	-0.0095	0.1126	-46.3886	-36.8183	-16.2289
4	0.4963	0.0625	-0.1865	1.7497	-0.2198	0.5775	0.0289	0.0642	-0.0714	0.0384	0.0041	0.1602	-0.0033	0.0079	-0.033	0.1537	-0.0013	-0.025	0.0881	-0.0125	0.1302	-66.267	-37.8834	-19.9087
5	-32.1023	1.6801	-1.9784	5.3091	-0.2795	-2.3882	0.368	-0.3038	-0.1409	0.008	-0.1617	0.0042	0.0395	-0.0649	-0.2063	0.1709	-0.0057	0.0032	0.2283	-0.0121	0.0007	-56.9227	-24.6996	-17.9005
6	-472.0583	202.2824	-487.9283	736.7054	94.9096	-362.5349	0.6312	-0.2714	1.3947	-9.1872	7.0014	1.6165	-3.3362	-4.1791	-7.6326	0.2084	-0.0806	-0.1014	0.2904	-0.1477	0.2457	-37.8908	-18.3922	-4.1379
7	0.356	-0.0269	0.0495	0.473	-0.033	0.091	-0.0148	-0.0004	0.0215	0.0256	0.022	0	0.0168	0.0004	-0.0072	0.1759	0.0037	-0.0026	0.1159	-0.0042	0.1035	-56.8855	-20.3833	-17.1343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	601
6	X-RAY DIFFRACTION	5	D	602
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	701
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	702 - 809
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	602 - 671
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	128 - 231
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	603 - 656

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