PDB-1sn2: Crystal Structure of Sea Bream Transthyretin at 1.90A Resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sn2

タイトル

Crystal Structure of Sea Bream Transthyretin at 1.90A Resolution

要素

transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sparus aurata (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Eneqvist, T. / Lundberg, E. / Karlsson, A. / Huang, S. / Cantos, C.R. / Power, D.M. / Sauer-Eriksson, A.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High resolution crystal structures of piscine transthyretin reveal different binding modes for triiodothyronine and thyroxine.
著者: Eneqvist, T. / Lundberg, E. / Karlsson, A. / Huang, S. / Santos, C.R. / Power, D.M. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2004年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Data collection
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sn2.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sn2.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sn2_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sn2_full_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示
XML形式データ	1sn2_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	1sn2_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sn0C 1sn5C 1f41S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3djr-1 6goo-1 1oo2-d 6gnw-d 1soq-3 1thc-1 1tz8-3 4pvm-1 6gnm-d 2rox-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: transthyretin

B: transthyretin

C: transthyretin

D: transthyretin

ヘテロ分子

56.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.497, 58.497, 140.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

詳細

One asymmetric unit contains one transthyretin homo-tetramer

#1: タンパク質	transthyretin 分子量: 14027.579 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sparus aurata (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTT3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 1550 MME, sodium citrate, ammonium sulphate, nickel sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 46104 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.047
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / R_merge(I) obs: 0.451 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Human transthyretin, pdb code 1F41

1f41

解像度: 1.75→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.603 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20964	4439	10 %	RANDOM
R_work	0.17489	-	-	-
all	0.1783	46104	-	-
obs	0.17836	39742	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3529	0	5	361	3895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.923	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.718	3	7485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.959	3	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.389	15	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.3	651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.3	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.049	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.326	0.3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.278	0.3	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.259	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.5	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.316	2	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.622	3	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.757	4.5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.274	279
R_work	0.231	2505

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3836	-0.0362	0.3025	0.4226	0.3046	0.9109	-0.0062	-0.0204	0.0505	-0.0466	0.0351	-0.0916	0.0072	0.0184	-0.0288	0.111	0.002	0.0022	0.0753	-0.0105	0.0885	-47.7645	-11.5398	-18.8138
2	0.4315	-0.072	0.2554	0.5321	-0.2018	0.698	-0.0023	0.028	0.0387	0.0677	0.0447	0.083	0.0153	-0.0212	-0.0424	0.1142	-0.0063	0.0075	0.0739	0.0105	0.0815	-67.9512	-12.0502	-17.379
3	0.5809	-0.2543	-0.0643	1.6767	0.2737	0.6172	0.0322	-0.0027	0.0013	-0.024	0.0642	-0.1742	0.1051	0.0454	-0.0964	0.1608	0.0193	-0.0333	0.039	-0.018	0.0746	-46.7871	-36.758	-16.4387
4	0.4484	0.1793	-0.2876	1.9009	-0.2679	0.2577	0.0428	0.0559	-0.0499	0.0332	0.0052	0.2138	0.0101	0.0224	-0.0479	0.1326	-0.0092	-0.0283	0.0349	-0.0002	0.098	-66.6215	-37.7397	-20.3748
5	32.4709	167.367	-241.7608	743.3013	268.0119	-95.6478	-0.5774	0.1284	-1.7714	-3.1792	-2.6183	5.2541	-0.1019	0.3142	3.1956	0.0788	0.0082	-0.0771	0.0988	-0.0112	0.0756	-38.2774	-18.4355	-4.1165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 127	13 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	11 - 125	14 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	11 - 125	14 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	11 - 123	14 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	E	701	1

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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