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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1smv | ||||||
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タイトル | PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS | ||||||
要素 | SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN | ||||||
キーワード | VIRUS / COAT PROTEIN (VIRAL) / Icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sesbania mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bhuvaneshwari, M. / Murthy, M.R.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Structure of sesbania mosaic virus at 3 A resolution. 著者: Bhuvaneshwari, M. / Subramanya, H.S. / Gopinath, K. / Savithri, H.S. / Nayudu, M.V. / Murthy, M.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure of Sesbania Mosaic Virus at 4.7 Angstroms Resolution and Partial Sequence of the Coat Protein 著者: Subramanya, H.S. / Gopinath, K. / Nayudu, M.V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. #2: ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 1982 タイトル: Purification and Partial Characterization of Sesbania Mosaic Virus 著者: Sreenivasulu, P. / Nayudu, M.V. | ||||||
履歴 |
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Remark 285 | THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT. IN ADDITION, THE ...THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT. IN ADDITION, THE COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME. IN ORDER TO GENERATE THE FULL CRYSTAL AU, APPLY THE FOLLOWING TRANSFORMATION MATRIX OR MATRICES AND SELECTED BIOMT RECORDS TO THE COORDINATES, AS SHOWN BELOW. X0 1 0.209973 0.948239 0.238231 0.00000 X0 2 0.157347 -0.273260 0.948984 0.00000 X0 3 0.964962 -0.161777 -0.206580 0.00000 CRYSTAL AU = (X0) * (BIOMT 1-20) * CHAINS A,B,C |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1smv.cif.gz | 124.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1smv.ent.gz | 96.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1smv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1smv_validation.pdf.gz | 408.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1smv_full_validation.pdf.gz | 416.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1smv_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1smv_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/1smv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/1smv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||
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3 |
| x 5||||||||
4 |
| x 6||||||||
5 |
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6 |
| x 20||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28578.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / 参照: UniProt: Q9EB06 #2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | 解像度: 2.9→60 Å / Num. obs: 347170 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(I): 1 |
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反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |