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- PDB-1sm1: COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sm1
タイトルCOMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN
要素
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 28
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • GENERAL STRESS PROTEIN CTC
  • QUINUPRISTIN
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / RIBOSOME-ANTIBIOTIC COMPLEX / QUINUPRISTIN / DALFOPRISTIN / STREPTOGRAMINS / SYNERCID / RIBOSOME / 50S RIBOSOMAL SUBUNIT / RIBOSOM-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Quinupristin / Chem-DOL / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 ...Quinupristin / Chem-DOL / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
STREPTOMYCES GRAMINOFACIEN (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Harms, J.M. / Schluenzen, F. / Fucini, P. / Bartels, H. / Yonath, A.
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2004
タイトル: Alterations at the Peptidyl Transferase Centre of the Ribosome Induced by the Synergistic Action of the Streptogramins Dalfopristin and Quinupristin.
著者: Harms, J.M. / Schlunzen, F. / Fucini, P. / Bartels, H. / Yonath, A.
履歴
登録2004年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02024年7月10日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S RIBOSOMAL RNA
1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
5: QUINUPRISTIN
9: 5S RIBOSOMAL RNA
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
E: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
F: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
I: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
J: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
K: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
L: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
M: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
N: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
O: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
P: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
Q: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
S: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
T: GENERAL STRESS PROTEIN CTC
U: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
X: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
Y: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
Z: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,390,05933
ポリマ－1,389,36832
非ポリマー6911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.500, 406.000, 693.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 09

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: GenBank: 6460405
#7: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 39911.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: GenBank: 6460405

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 1234ABCDEFGHIJKLMNOPQRSUWXYZ

#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9294.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS4
#3: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSH2
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7448.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW6
#5: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 4322.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK0
#8: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 30107.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ9
#9: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22477.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK2
#10: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK1
#11: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20379.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ0
#12: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22867.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL3
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16089.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY49
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14889.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS7
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19223.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXY1
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ2
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16894.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK9
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16257.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ5
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12926.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSJ5
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12163.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL2
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18347.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RWB4
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13991.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW7
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY64
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10539.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK0
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12384.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ1
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY65
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7774.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ4
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL0
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8597.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RW44
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 5T

#27: タンパク質 GENERAL STRESS PROTEIN CTC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 27004.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RX88
#33: 化合物 ChemComp-DOL / 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE / DALFOPRISTIN / ダルホプリスチン


分子量: 690.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50N4O9S / コメント: 抗生剤*YM
#6: タンパク質・ペプチド QUINUPRISTIN / PRISTINAMYCIN IA / RP 57669


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1024.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: QUINUPRISTIN IS A CYLIC HEPTAPEPTIDE. THE RING GENERATED BY LINKING RESIDUE 2 SIDE-CHAIN IS AND MAIN-CHAIN RESIDUE 7.
由来: (合成) STREPTOMYCES GRAMINOFACIEN (バクテリア)
参照: Quinupristin

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詳細

構成要素の詳細QUINUPRISTIN IS A STREPTOGRAMIN ANTIBIOTIC. HERE, QUINUPRISTIN IS REPRESENTED BY SEQUENCE (SEQRES).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7.8
詳細: ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ethanol11
2DIMETHYLHEXANEDIOL11
3KCl11
4MgCl211
5NH4Cl11
6HEPES11
7H2O11
8MgCl212
9NH4Cl12
10H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月14日
放射モノクロメーター: SI111 OR SI311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→30 Å / Num. obs: 282979 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.42→3.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNR

1lnr
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.42→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.348 14131 5 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.278 266331 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3495 61875 48 0 65418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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