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- PDB-1slq: Crystal structure of the trimeric state of the rhesus rotavirus V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1slq
タイトルCrystal structure of the trimeric state of the rhesus rotavirus VP4 membrane interaction domain, VP5CT
要素VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / beta sandwich / greek key / alpha helical triple coiled-coil / membrane penetration protein / non-enveloped virus / spike protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4 / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhesus rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dormitzer, P.R. / Nason, E.B. / Prasad, B.V.V. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural rearrangements in the membrane penetration protein of a non-enveloped virus.
著者: Dormitzer, P.R. / Nason, E.B. / Prasad, B.V. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2001
タイトル: Proteolysis of monomeric recombinant rotavirus VP4 yields an oligomeric VP5* core
著者: Dormitzer, P.R. / Greenberg, H.B. / Harrison, S.C.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: The rhesus rotavirus VP4 sialic acid binding domain has a galectin fold with a novel carbohydrate binding site
著者: Dormitzer, P.R. / Sun, Z.-Y.J. / Wagner, G. / Harrison, S.C.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: A statistic for local intensity differences: robustness to anisotropy and pseudo-centering and utility for detecting twinning
著者: Padilla, J.E. / Yeates, T.O.
履歴
登録2004年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP4
B: VP4
C: VP4
D: VP4
E: VP4
F: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,8486
ポリマ－187,8486
非ポリマー00
水00
1
A: VP4
B: VP4
C: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9243
ポリマ－93,9243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area33840 Å2
手法PISA
2
D: VP4
E: VP4
F: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9243
ポリマ－93,9243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12460 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
3
D: VP4
E: VP4
F: VP4

D: VP4
E: VP4
F: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,8486
ポリマ－187,8486
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area26600 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area64320 Å2
手法PISA
4
A: VP4
B: VP4
C: VP4

A: VP4
B: VP4
C: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,8486
ポリマ－187,8486
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area25460 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area66310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)244.843, 244.843, 104.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
詳細The biological unit is a homotrimer. Each asymmetric unit in space group P4(2)22 contains 2 trimers.

-
要素

#1: タンパク質
VP4


分子量: 31307.945 Da / 分子数: 6
断片: Trimeric conformation of the membrane interaction domain, VP5CT
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus rotavirus (ウイルス) / 生物種: Rotavirus A / 遺伝子: gene segment 4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q91HI9, UniProt: P12473*PLUS

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: ammonium sulfate, MPD, Pipes, Tris, EDTA, sodium azide, benzamidine, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
31 mMEDTA1drop
40.02 %sodium azide1drop
50.1 mMbenzamidine1drop
66 %ethanol1reservoir
750 mMTris1reservoir
81 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F110.916
シンクロトロンCHESS F120.916
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2002年8月16日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2003年2月21日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Horizontally bent Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Horizontally bent Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 51973 / Num. obs: 51973 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.27 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 3446 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Num. unique obs: 3446 / Rmerge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic by group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: An initial model was built to maps calculated with MAD experimental data. The MAD data were collected from crystals of selenomethionine-substituted VP5CT that formed using ethanol as a ...詳細: An initial model was built to maps calculated with MAD experimental data. The MAD data were collected from crystals of selenomethionine-substituted VP5CT that formed using ethanol as a precipitant. Refinement proceeded with starting phases from this model and amplitudes from higher resolution data collected from native VP5CT crystals that formed using ammonium sulfate with MPD as a precipitant. All stages of model building and refinement took advantage of 6-fold non-crystallographic symmetry. The resolution of the model is limited by perfect hemihedral twinning, which becomes significant at higher resolutions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.338 2599 -Random
Rwork0.308 ---
all0.31 51973 --
obs0.31 51973 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 91.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.62 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12772 0 0 0 12772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0107
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.591
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.906
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.27 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.488 151 -
Rwork0.443 --
obs-3335 99.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0.01 / Rfactor obs: 0.308
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.906
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.488 / Rfactor Rwork: 0.443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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