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万見
- PDB-1sk5: The ultra-high resolution structure of d(CTTTTAAAAG)2: modulation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sk5
タイトルThe ultra-high resolution structure of d(CTTTTAAAAG)2: modulation of bending by T-A steps and its role in DNA recognition
要素5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
キーワードDNA / DNA/DNA double helix / Popypurine Tract Sequence of HIV-1
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Han, G.W. / Langs, D. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The ultra-high resolution structure of d(CTTTTAAAAG)2: modulation of bending by T-A steps and its role in DNA recognition
著者: Han, G.W. / Langs, D. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Direct-methods determination of an RNA/DNA hybrid decamer at 1.15A Resolution
著者: Han, G.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: An Unusual Sugar Conformation in the Structure of an RNA/DNA Decamer of the Polypurine Tract May Affect Recognition by Rnase H
著者: Kopka, M.L. / Lavelle, L. / Han, G.W. / Ng, H.L. / Dickerson, R.E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a DNA analog of the primer for HIV-1 RT second strand synthesis
著者: Han, G.W. / Kopka, M.L. / Cascio, D. / Grzeskowiak, K. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2004年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,40710
ポリマ－6,0862
非ポリマー3218
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)22.665, 35.664, 28.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.69, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3043.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHESIZED BY THE SOLID-PHASE PHOSPHORAMIDATE METHOD ON AN EPPENDORF ECOSYN D300 SYNTHESIZER
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Calcium acetate, Spermine, MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 269K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Calcium acetate11
2Spermine11
3MPD11
4Calcium acetate12
5MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / タイプ: NSLS / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→50 Å / Num. all: 32054 / Num. obs: 32054 / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.073
反射 シェル解像度: 0.89→0.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.573

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SnB位相決定
CROQUEモデル構築
SHELXL-97精密化
CROQUE位相決定
精密化開始モデル: NONE

解像度: 0.89→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 1507 -RANDOM
Rwork0.1263 ---
obs0.12631 30438 5 %-
all-32054 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 422 55 110 587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
LS精密化 シェル解像度: 0.89→0.94 Å / Rfactor Rwork: 0.235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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