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- PDB-1si2: Crystal structure of the PAZ domain of human eIF2c1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1si2
タイトルCrystal structure of the PAZ domain of human eIF2c1 in complex with a 9-mer siRNA-like duplex of deoxynucleotide overhang
要素
  • 5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*CP*U)-D(P*CP*T)-3'
  • Eukaryotic translation initiation factor 2C 1
キーワードGENE REGULATION/RNA/DNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA INTERFERENCE / DOUBLE HELIX / OVERHANG / GENE REGULATION-RNA-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly ...Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNA polymerase II complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of mRNA stability / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 ...paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / Protein argonaute-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ye, K. / Ma, J.B. / Patel, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for overhang-specific small interfering RNA recognition by the PAZ domain.
著者: Ma, J.B. / Ye, K. / Patel, D.J.
履歴
登録2004年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*CP*U)-D(P*CP*T)-3'
A: Eukaryotic translation initiation factor 2C 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9812
ポリマ－19,9812
非ポリマー00
水28816
1
B: 5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*CP*U)-D(P*CP*T)-3'
A: Eukaryotic translation initiation factor 2C 1

B: 5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*CP*U)-D(P*CP*T)-3'
A: Eukaryotic translation initiation factor 2C 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9614
ポリマ－39,9614
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_675-x+1,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.051, 100.051, 34.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細The biological assemble consists of two PAZ domains bound to each end of a 9-mer siRNA-like duplex generated from the protein monomer and the 9-mer single stranded RNA in the asymmetric unit by the operation: -X+1,-Y+2,Z.

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド 5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*CP*U)-D(P*CP*T)-3'


分子量: 2790.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / EIF2C 1 / EIF-2C 1 / PUTATIVE RNA-BINDING PROTEIN Q99 / ARGONAUTE 1


分子量: 17189.984 Da / 分子数: 1 / Fragment: PAZ domain (residues 225-369) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2C1 / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UL18
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 1000, potassium chloride, HEPES-NaOH, Dithiothreitol, pH 7.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 100011
2potassium chloride11
3HEPES-NaOH11
4Dithiothreitol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.981 / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月13日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 6263 / Num. obs: 6225 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.696 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 581 9.9 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.2247 5873 93.8 %-
all-6263 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.026 Å2 / ksol: 0.326947 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å28.79 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 184 0 16 1177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 48 8.7 %
Rwork0.313 504 -
obs--88.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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