ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.1.24精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング BEAST位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1KHV解像度 : 2.95→20 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.915 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.862 / SU B : 19.261 / SU ML : 0.354 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model : isotropic / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R Free : 0.461 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : TLS refinement was performed for each of three domains in each protomerRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2799 1419 5.1 % RANDOM Rwork 0.21522 - - - obs 0.21857 26218 100 % - all - 27637 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 17.668 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.22 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.85 Å2 0 Å2 3- - - -0.64 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.95→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 7887 0 2 3 7892
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.021 8092 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.146 1.963 10977 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.774 5 1003 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.078 0.2 1189 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.003 0.02 6130 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.217 0.2 3675 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.153 0.2 265 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.256 0.2 50 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.091 0.2 7 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.891 2 5027 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.633 2.5 8138 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.162 3.5 3065 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.396 4.5 2839
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Auth asym-ID : A / Ens-ID : 1 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
数 タイプ Rms dev position (Å)Weight position 1 tight positional0.07 0.05 3939 loose positional0.61 5 1 tight thermal0.17 0.5 3939 loose thermal2.25 10
LS精密化 シェル 解像度 : 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.381 99 - Rwork 0.292 1865 - obs - 1865 100 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.768 0.2765 0.3268 1.0046 -0.1962 1.4452 0.0616 -0.0658 0.0815 0.1187 -0.0186 0.0975 0.0144 0.0806 -0.0431 0.1361 0.0233 -0.0097 0.0998 -0.0004 0.0007 25.6481 -1.4287 51.9046 2 3.4719 -0.4291 -0.153 2.1957 -1.4231 3.5571 -0.0577 0.3848 0.0566 -0.3128 -0.1624 -0.1635 0.0713 0.3181 0.2201 0.0681 -0.0343 -0.008 0.1948 0.0424 0.0495 43.5849 2.3406 35.8839 3 1.2736 0.7058 -1.2709 3.5695 -3.0892 2.5578 0.1491 -0.232 0.226 -0.0019 0.0372 0.2477 -0.0773 -0.0678 -0.1863 0.1834 0.0118 -0.0295 0.284 0.0043 0.0737 16.8358 5.5324 23.9396 4 2.9654 0.4908 0.1316 2.7256 0.2086 2.1741 0.2344 -0.2712 -0.3019 0.1507 -0.3546 -0.694 0.34 0.1299 0.1202 0.1932 0.0203 -0.0417 0.1487 0.1543 0.3492 63.6503 5.3184 7.0719 5 4.1501 0.8035 0.6055 4.6733 -1.2175 4.4785 0.2986 0.0999 -0.2505 -0.364 -0.0697 -1.4162 0.3244 0.5638 -0.2289 0.115 0.0475 -0.0623 0.3199 0.2571 1.1859 86.9113 10.9787 2.9395 6 2.9543 5.8178 0.5237 10.4954 -2.8309 0.5125 -0.5165 0.3029 -0.6024 -1.3306 0.1069 -0.6861 0.0763 0.1256 0.4096 0.7732 0.0263 0.3142 0.3928 -0.1715 0.3233 70.7037 14.7922 -21.4108
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA6 - 209 6 - 209 2 X-RAY DIFFRACTION 1 AA244 - 304 244 - 304 3 X-RAY DIFFRACTION 2 AA210 - 243 210 - 243 4 X-RAY DIFFRACTION 2 AA305 - 389 305 - 389 5 X-RAY DIFFRACTION 3 AA390 - 507 390 - 507 6 X-RAY DIFFRACTION 4 BB6 - 209 6 - 209 7 X-RAY DIFFRACTION 4 BB244 - 304 244 - 304 8 X-RAY DIFFRACTION 5 BB210 - 243 210 - 243 9 X-RAY DIFFRACTION 5 BB305 - 389 305 - 389 10 X-RAY DIFFRACTION 6 BB390 - 507 390 - 507
精密化 *PLUS
最低解像度 : 20 Å / % reflection Rfree : 5 % / Rfactor Rfree : 0.282 / Rfactor Rwork : 0.215 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION r_bond_d0.009 X-RAY DIFFRACTION r_angle_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_deg1.14
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.387 / Rfactor Rwork : 0.286