PDB-1sg7: NMR solution structure of the putative cation transport regulator ChaB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sg7

タイトル

NMR solution structure of the putative cation transport regulator ChaB

要素

Putative Cation transport regulator chaB

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

ChaB / ChaB / ChaB superfamily / ChaB / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Putative cation transport regulator ChaB / Putative cation transport regulator ChaB

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Osborne, M.J. / Siddiqui, N. / Cygler, M. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: BMC STRUCT.BIOL. / 年: 2004
タイトル: The solution structure of ChaB, a putative membrane ion antiporter regulator from Escherichia coli
著者: Osborne, M.J. / Siddiqui, N. / Iannuzzi, P. / Gehring, K.

履歴

登録	2004年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sg7.cif.gz	443.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sg7.ent.gz	374.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/1sg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/1sg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wiu-d 2ncm-d 1rwu-d 2xvt-6 2hug-d 2i27-2 2z1c-2 2n3g-d 2xvt-5 1wit-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CHAB_ECO57

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative Cation transport regulator chaB

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	17 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #16	lowest energy

#1: タンパク質	Putative Cation transport regulator chaB 分子量: 11192.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CHAB / プラスミド: pet-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD (DE3) / 参照: UniProt: P39162, UniProt: P0AE65*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N/13C edited NOESY
1	2	1	HNHA
1	3	1	3D 13C-separated NOESY
1	4	1	4D 13C-separated NOESY
2	5	2	IPAP-HSQC
1	6	1	4D 13C/15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5mM ChaB U-15N,13C 50mM CaCl2 1mM NaN3	90% H2O/10% D2O
2	1mM ChaB U-15N,50mM Phosphate buffer, 100mM NaCl, 1mM NaN3, 11mg/ml Pf1 phage	90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50mM CaCl2	6.3	ambient	303 K
2	50mM Phosphate, 100mM NaCl	6.3	ambient	303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.2	delaglio et al	解析
NMRView	5.0.4	Belvins and Johnson	データ解析
ARIA	1.1	Nilges	構造決定
CNS	1.1	Brunger et al	構造決定
CNS	1.1	Brunger et al	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were determined from 2150 NOE restraints, 49 dihedral angle constraints and 58 residual dipolar coupling restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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