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万見
- PDB-1sg4: Crystal structure of human mitochondrial delta3-delta2-enoyl-CoA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sg4
タイトルCrystal structure of human mitochondrial delta3-delta2-enoyl-CoA isomerase
要素3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
キーワードISOMERASE / crotonase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / fatty acid beta-oxidation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOYL-COENZYME A / Enoyl-CoA delta isomerase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Partanen, S.T. / Novikov, D.K. / Popov, A.N. / Mursula, A.M. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The 1.3 A crystal structure of human mitochondrial Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase shows a novel mode of binding for the fatty acyl group.
著者: Partanen, S.T. / Novikov, D.K. / Popov, A.N. / Mursula, A.M. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2004年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
B: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
C: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7484
ポリマ－85,8543
非ポリマー8941
水11,998666
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area29390 Å2
手法PISA
2
A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
B: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
C: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
B: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
C: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,4958
ポリマ－171,7086
非ポリマー1,7872
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15550 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area56250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.984, 78.288, 113.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase, mitochondrial / Dodecenoyl-CoA delta-isomerase


分子量: 28617.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCI / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P42126, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA


分子量: 893.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: PEG 6000, sodium acetate, sodium cloride, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1310.802
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1320.9202, 0.9184, 0.8500
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2002年5月10日bent mirrors
MARRESEARCH2CCD2002年5月10日bent mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1triangularSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2triangularMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8021
20.92021
30.91841
40.851
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 182696 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.31 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5263 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.202 9150 random
Rwork0.157 --
obs0.157 173546 -
all-182696 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6076 0 57 667 6800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-ID
1.3-1.360.231X-RAY DIFFRACTION
1.36-1.410.213X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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