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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sfx
タイトルX-ray crystal structure of putative HTH transcription regulator from Archaeoglobus fulgidus
要素Conserved hypothetical protein AF2008
キーワードstructural genomics / unknown function / conserved hypothetical protein / HTH motif / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator TrmB N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative HTH transcription regulator from Archaeoglobus fulgidus
著者: Osipiuk, J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical protein AF2008
B: Conserved hypothetical protein AF2008
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8488
ポリマ－25,5552
非ポリマー2936
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
2
A: Conserved hypothetical protein AF2008
B: Conserved hypothetical protein AF2008
ヘテロ分子

A: Conserved hypothetical protein AF2008
B: Conserved hypothetical protein AF2008
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,69516
ポリマ－51,1104
非ポリマー58512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8390 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.265, 59.634, 63.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Putative biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical protein AF2008


分子量: 12777.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF2008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28271
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 34891 / Num. obs: 34193 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique all: 2185 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.336 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18286 1710 5 %RANDOM
Rwork0.14846 ---
obs0.15014 32445 97.89 %-
all-34155 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 15 397 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1442.0132582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90734614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3035212
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.22251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.51097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32821818
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0063845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4434.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.06321942
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.7052401
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.13121921
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.261 101
Rwork0.224 2320
obs-2421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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