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- PDB-1sfn: Crystal structure of protein DR1152 from Deinococcus radiodurans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sfn
タイトルCrystal structure of protein DR1152 from Deinococcus radiodurans R1, Pfam DUF861
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NYSGXRC target T1583 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-ureidoglycine aminohydrolase / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cupin_3 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of conserved hypothetical protein from Deinicoccus radiodurans
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8362
ポリマ－54,8362
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,3448
ポリマ－219,3448
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area26250 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area64000 Å2
手法PISA
3
A: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein

A: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6724
ポリマ－109,6724
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
4
B: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6724
ポリマ－109,6724
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.370, 109.370, 95.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 27418.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RV77
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→25 Å / Num. all: 21111 / Num. obs: 21111 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 48.1
反射 シェル解像度: 2.46→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1037 4.8 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.281 21111 --
obs0.281 21111 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.3254 Å2 / ksol: 0.340552 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3860 0 0 78 3938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.472.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 89 4.2 %
Rwork0.309 1992 -
obs-1992 94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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