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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sej | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase-Thymidylate Synthase from Cryptosporidium hominis Bound to 1843U89/NADPH/dUMP | ||||||
要素 | bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE / bifunctional enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å | ||||||
データ登録者 | Anderson, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: Two crystal structures of dihydrofolate reductase-thymidylate synthase from Cryptosporidium hominis reveal protein-ligand interactions including a structural basis for observed antifolate resistance. 著者: Anderson, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sej.cif.gz | 540.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sej.ent.gz | 445.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sej_validation.pdf.gz | 6.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sej_full_validation.pdf.gz | 6.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1sej_validation.xml.gz | 114.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sej_validation.cif.gz | 146.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1sej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1sej | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qzfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 5 chains. The biological unit is a dimer. Chains A,B and C,D form two dimers. Chain E is on a crystallographic two-fold, its monomer partner is formed across this two-fold. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PA414 参照: UniProt: Q27552, thymidylate synthase, dihydrofolate reductase #2: 化合物 | ChemComp-UMP / #3: 化合物 | ChemComp-F89 / #4: 化合物 | ChemComp-NDP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: PEG 6000, lithium sulfate, ammonium sulfate, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月18日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.87→50 Å / Num. all: 119034 / Num. obs: 111987 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 66.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.87→2.98 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 12048 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1qzf 解像度: 2.87→45.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3654354.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.5047 Å2 / ksol: 0.318839 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.87→45.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.87→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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