PDB-1se9: Structure of At3g01050, a ubiquitin-fold protein from Arabidopsis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1se9

タイトル

Structure of At3g01050, a ubiquitin-fold protein from Arabidopsis thaliana

要素

ubiquitin family

キーワード

PLANT PROTEIN / ubiquitin-like / cell-free / wheat germ / Structural genomics / Protein structure Initiative / CESG / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, cartesian molecular dynamics in explicit solvent

データ登録者

Volkman, B.F. / Lytle, B.L. / Peterson, F.C. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2004
タイトル: Cell-free protein production and labeling protocol for NMR-based structural proteomics.
著者: Vinarov, D.A. / Lytle, B.L. / Peterson, F.C. / Tyler, E.M. / Volkman, B.F. / Markley, J.L.

履歴

登録	2004年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1se9.cif.gz	624.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1se9.ent.gz	523.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1se9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1se9_validation.pdf.gz	347.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1se9_full_validation.pdf.gz	494.6 KB	表示
XML形式データ	1se9_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	1se9_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1se9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1se9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mqg-1 1lph-6 1it4-d 5n49-1 5lpk-3 1jnj-d 5m6n-1 4nqn-d 4z6h-1 4or1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.15176

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ubiquitin family

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	ubiquitin family 分子量: 13970.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: At3g01050 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: WHEAT GERM CELL-FREE, IN VITRO EXPRESSION / 遺伝子: At3g01050 / プラスミド: PEU-AT3G01050 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q9MAB9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY-aromatic

NMR実験の詳細

Text: Chemical shift assignments were obtained from standard 3D triple-resonance experiments, using the automated method of Garant (Christian Bartels).

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM U-15N,13C At3g01050; 10mM phosphate buffer, 50mM KCl, 1mM DTT, pH 6.5 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50 mM NaCl + 10 mM KPO4 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	1.0.6	Peter Guentert	精密化
XwinNMR	3.1	Bruker Biospin	collection
NMRPipe	2.1	Frank Delaglio	解析
XPLOR-NIH	2.0.6	Marius Clore	精密化
XEASY	1.3.1	Christian Bartels	データ解析
SPSCAN	1.1.0	Ralf Glaser	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics, cartesian molecular dynamics in explicit solvent
ソフトェア番号: 1
詳細: CANDID automated refinement Cyana refinement Xplor water refinement

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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