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万見
- PDB-1scy: DETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF SCYLLATOXIN B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1scy
タイトルDETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF SCYLLATOXIN BY 1H NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE
要素SCYLLATOXIN
キーワードNEUROTOXIN
機能・相同性Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 5.1
機能・相同性情報
生物種Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
手法溶液NMR
データ登録者Martins, J.C. / Van De Ven, F.J.M. / Borremans, F.A.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Determination of the three-dimensional solution structure of scyllatoxin by 1H nuclear magnetic resonance.
著者: Martins, J.C. / Van de Ven, F.J. / Borremans, F.A.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: Solution Conformation of Leiurotoxin I (Scyllatoxin) by 1H Nuclear Magnetic Resonance. Resonance Assignment and Secondary Structure
著者: Martins, J.C. / Zhang, W. / Tartar, A. / Lazdunski, M. / Borremans, F.A.M.
履歴
登録1994年6月2日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCYLLATOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4341
ポリマ－3,4341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: CYS 21 - ILE 22 MODEL 2 OMEGA = 149.70 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ALA 1 - PHE 2 MODEL 6 OMEGA = 211.28 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: ASP 24 - LYS 25 MODEL 6 OMEGA = 229.33 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: CYS 21 - ILE 22 MODEL 7 OMEGA = 146.08 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: ASP 24 - LYS 25 MODEL 8 OMEGA = 230.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: GLY 19 - LYS 20 MODEL 10 OMEGA = 219.59 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: ASP 24 - LYS 25 MODEL 12 OMEGA = 214.95 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: LYS 20 - CYS 21 MODEL 16 OMEGA = 213.91 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: LYS 20 - CYS 21 MODEL 20 OMEGA = 214.83 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: ASP 24 - LYS 25 MODEL 21 OMEGA = 213.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
11: ALA 1 - PHE 2 MODEL 22 OMEGA = 228.55 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: CYS 3 - ASN 4 MODEL 25 OMEGA = 145.89 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド SCYLLATOXIN


分子量: 3434.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
生物種: Leiurus quinquestriatus / 株: hebraeus / 参照: UniProt: P16341
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
解析

NMR software
名称開発者分類
DIANAGUNTERT,BRAUN,WUTHRICH精密化
AmberPEARLMAN,CASE,CALDWELL,SIEBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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