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万見
- PDB-1scf: HUMAN RECOMBINANT STEM CELL FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1scf
タイトルHUMAN RECOMBINANT STEM CELL FACTOR
要素STEM CELL FACTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / HUMAN STEM CELL FACTOR / STEEL FACTOR / KIT LIGAND / MAST CELL GROWTH FACTOR / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / melanocyte migration / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of melanocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation ...positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / melanocyte migration / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of melanocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / mast cell proliferation / positive regulation of Ras protein signal transduction / neural crest cell migration / positive regulation of leukocyte migration / embryonic hemopoiesis / Regulation of KIT signaling / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of T cell proliferation / ovarian follicle development / T cell proliferation / filopodium / cytokine activity / growth factor activity / Signaling by SCF-KIT / response to organic cyclic compound / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / PIP3 activates AKT signaling / lamellipodium / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / cell adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stem cell factor / Stem cell factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jiang, X. / Gurel, O. / Langley, K.E. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Structure of the active core of human stem cell factor and analysis of binding to its receptor kit.
著者: Jiang, X. / Gurel, O. / Mendiaz, E.A. / Stearns, G.W. / Clogston, C.L. / Lu, H.S. / Osslund, T.D. / Syed, R.S. / Langley, K.E. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1998年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.02000年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEM CELL FACTOR
B: STEM CELL FACTOR
C: STEM CELL FACTOR
D: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6558
ポリマ－124,2974
非ポリマー3594
水4,756264
1
A: STEM CELL FACTOR
B: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3873
ポリマ－62,1482
非ポリマー2381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
2
C: STEM CELL FACTOR
D: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2695
ポリマ－62,1482
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
3
C: STEM CELL FACTOR
D: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子

A: STEM CELL FACTOR
B: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6558
ポリマ－124,2974
非ポリマー3594
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area5340 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.820, 82.550, 88.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9153, 0.3684, 0.1628), (0.3571, -0.9292, 0.095), (0.1863, -0.0288, -0.9821)-10.3438, 35.5567, 43.1757
2given(-0.935658, -0.315827, -0.157471), (-0.265278, 0.923709, -0.276386), (0.232747, -0.216829, -0.948058)63.79985, 17.94411, 63.68074
3given(-0.9947, 0.0883, -0.0517), (-0.094, -0.9884, 0.1191), (-0.0406, 0.1234, 0.9915)54.5472, 48.8815, -20.5439
4given(-0.9911, 0.1005, -0.0878), (-0.1178, -0.968, 0.2217), (-0.0627, 0.2301, 0.9711)55.1684, 45.0721, -21.924
5given(-0.9519, -0.2483, 0.1797), (-0.2771, 0.9476, -0.1588), (-0.1309, -0.2009, -0.9708)52.2627, 13.3378, 74.4151
6given(0.9842, 0.1471, -0.0981), (0.1426, -0.9884, -0.0521), (-0.1046, 0.0373, -0.9938)0.5534, 52.6073, 86.741
7given(-0.9554, -0.2442, 0.1661), (-0.2695, 0.9509, -0.1522), (-0.1208, -0.1901, -0.9743)52.8429, 12.5299, 73.7611

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要素

#1: タンパク質
STEM CELL FACTOR / SCF / SL / MGF / MAST CELL GROWTH FACTOR


分子量: 31074.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21583
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
138 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium phosphate1drop
380 mM1dropNaCl
425 %(w/v)PEG4001reservoir
5220 mM1reservoirCaCl2
6100 mMHEPES1reservoir
75-10 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.986
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 65689 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.75 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.23 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 72
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72 % / Rmerge(I) obs: 0.581

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MADLSQモデル構築
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADLSQ位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: REFINEMENT WAS PERFORMED WITH ANOMALOUS ON; PARAM19_MOD.PRO AND TOPH19_MOD.PRO ARE MODIFIED PARAMETER AND TOPOLOGY FILES OF PARAM19.PRO AND TOPH19.PRO, RESPECTIVELY, FOR SELENOMETHIONYL ...詳細: REFINEMENT WAS PERFORMED WITH ANOMALOUS ON; PARAM19_MOD.PRO AND TOPH19_MOD.PRO ARE MODIFIED PARAMETER AND TOPOLOGY FILES OF PARAM19.PRO AND TOPH19.PRO, RESPECTIVELY, FOR SELENOMETHIONYL PROTEINS. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED ONLY DURING THE INITIAL REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3016 6 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 49851 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3517 0 19 264 3800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.05
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.42.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 302 6.4 %
Rwork0.3159 4349 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19_MOD.PROTOPH19_MOD.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3HETEROPARAM19.PARHETERO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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