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万見
- PDB-1sc5: Sigma-28(FliA)/FlgM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sc5
タイトルSigma-28(FliA)/FlgM complex
要素
  • RNA polymerase sigma factor FliA
  • anti-sigma factor FlgM
キーワードTRANSCRIPTION / RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR / ANTI-SIGMA FACTOR / FLAGELLAR GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


antisigma factor binding / sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription coregulator binding / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #150 / Anti-sigma-28 factor FlgM / Anti-sigma-28 factor FlgM, C-terminal / Anti-sigma-28 factor FlgM superfamily / Anti-sigma-28 factor, FlgM / RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...Helix Hairpins - #150 / Anti-sigma-28 factor FlgM / Anti-sigma-28 factor FlgM, C-terminal / Anti-sigma-28 factor FlgM superfamily / Anti-sigma-28 factor, FlgM / RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti sigma factor FlgM / RNA polymerase sigma factor FliA
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Sorenson, M.K. / Ray, S.S. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex sigma(28)/FlgM reveals an intact sigma factor in an inactive conformation.
著者: Sorenson, M.K. / Ray, S.S. / Darst, S.A.
履歴
登録2004年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor FliA
B: anti-sigma factor FlgM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9932
ポリマ－37,9932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.117, 118.117, 87.401
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor FliA


分子量: 27735.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: FLIA / プラスミド: pKMS5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL-codon(+) / 参照: UniProt: O67268
#2: タンパク質 anti-sigma factor FlgM


分子量: 10257.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: FLGM / プラスミド: pKMS5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL-codon(+) / 参照: UniProt: O66683

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.44 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 800, sodium cacodylate, calcium acetate, sodium chloride, tris, isopropanol, 6-amino-caproic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.96486,0.97969,0.97989,0.96486
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.964861
20.979691
30.979891
反射解像度: 3.25→30 Å / Num. all: 11003 / Num. obs: 11003 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.26→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 440999.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 555 5.2 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.243 11003 --
obs0.241 10616 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.7763 Å2 / ksol: 0.227207 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å27.56 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 0 0 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it13.591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it21.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it29.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it36.262.5
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 75 5.1 %
Rwork0.34 1389 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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