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- PDB-1sby: Alcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonensis complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sby
タイトルAlcohol dehydrogenase from Drosophila lebanonensis complexed with NAD+ and 2,2,2-trifluoroethanol at 1.1 A resolution
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / ternary complex / NAD / trifluoroethanol
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, Drosophila-type / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Scaptodrosophila lebanonensis (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Benach, J. / Meijers, R. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Lamzin, V.S. / Ladenstein, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.1-A crystal structure of D. lebanonensis ADH complexed with NAD+ and 2,2,2-trifluoroethanol
著者: Benach, J. / Meijers, R. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Lamzin, V.S. / Ladenstein, R.
履歴
登録2004年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1756
ポリマ－55,6482
非ポリマー1,5274
水14,178787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.30, 52.73, 69.92
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 107.34, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase


分子量: 27823.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Scaptodrosophila lebanonensis (ハエ) / 参照: UniProt: P10807, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル


分子量: 100.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris/HCl, 28% w/v PEG 2000, 10mM NAD, 10mM 2,2,2-trifluoroethanol, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9092
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 212430 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.25 % / Biso Wilson estimate: 9.028 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 15.211
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A4U

1a4u


解像度: 1.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.172 2000 RANDOM
obs0.132 165060 -
all-165060 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.131 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 100 787 4982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006645
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.79711
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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