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万見
- PDB-1sbt: ATOMIC COORDINATES FOR SUBTILISIN BPN (OR NOVO) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sbt
タイトルATOMIC COORDINATES FOR SUBTILISIN BPN (OR NOVO)
要素SUBTILISIN BPN'
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Fervidolysin N-terminal prodomain / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...: / Fervidolysin N-terminal prodomain / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alden, R.A. / Birktoft, J.J. / Kraut, J. / Robertus, J.D. / Wright, C.S.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1971
タイトル: Atomic coordinates for subtilisin BPN' (or Novo).
著者: Alden, R.A. / Birktoft, J.J. / Kraut, J. / Robertus, J.D. / Wright, C.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1976
タイトル: Polypeptide Halomethyl Ketones Bind to Serine Proteases as Analogs of the Tetrahedral Intermediate,X-Ray Crystallographic Comparison of Lysine-and Phenylalanine-Polypeptide Chloromethyl ...タイトル: Polypeptide Halomethyl Ketones Bind to Serine Proteases as Analogs of the Tetrahedral Intermediate,X-Ray Crystallographic Comparison of Lysine-and Phenylalanine-Polypeptide Chloromethyl Ketone-Inhibited Subtilisin
著者: Poulos, T.L. / Alden, R.A. / Freer, S.T. / Birktoft, J.J. / Kraut, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: X-Ray Crystallographic Study of Boronic Acid Adducts with Subtilisin Bpn(Novo),A Model for the Catalytic Transition State
著者: Matthews, D.A. / Alden, R.A. / Birktoft, J.J. / Freer, S.T. / Kraut, J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1972
タイトル: Subtilisin,A Stereochemical Mechanism Involving Transition-State Stabilization
著者: Robertus, J.D. / Kraut, J. / Alden, R.A. / Birktoft, J.J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1972
タイトル: An X-Ray Crystallographic Study of the Binding of Peptide Chloromethyl Ketone Inhibitors to Subtilisin Bpn
著者: Robertus, J.D. / Alden, R.A. / Birktoft, J.J. / Kraut, J. / Powers, J.C. / Wilcox, P.E.
#5: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Aromatic Substrate Binding Site in Subtilisin Bpnand its Resemblance to Chymotrypsin
著者: Kraut, J. / Robertus, J.D. / Birktoft, J.J. / Alden, R.A. / Wilcox, P.E. / Powers, J.C.
#6: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1971
タイトル: On the Identity of Subtilisins Bpnand Novo
著者: Robertus, J.D. / Alden, R.A. / Kraut, J.
#7: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1970
タイトル: A Hydrogen-Bond Network at the Active Site of Subtilisin Bpn
著者: Alden, R.A. / Wright, C.S. / Kraut, J.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1969
タイトル: Structure of Subtilisin Bpnat 2.5 Angstroms Resolution
著者: Wright, C.S. / Alden, R.A. / Kraut, J.
#9: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#10: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1972年8月11日処理サイト: BNL
改定 1.01977年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_validate_close_contact.dist / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUBTILISIN BPN'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5531
ポリマ－27,5531
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.700, 54.400, 62.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: THE FO-FC MAP INDICATES COORDINATE ERRORS OF MORE THAN 1 ANGSTROM.
2: THESE COORDINATES ARE THE OUTPUT OF A REFINEMENT BY DIAMOND'S MODEL-BUILDING PROGRAM.

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN BPN'


分子量: 27552.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P00782, 3.4.21.14
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Wright, C.S., (1969) Nature, 221, 235.

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解析

精密化最高解像度: 2.5 Å
詳細: THE FO-FC MAP INDICATES COORDINATE ERRORS OF MORE THAN 1 ANGSTROM. THESE COORDINATES ARE THE OUTPUT OF A REFINEMENT BY DIAMOND'S MODEL-BUILDING PROGRAM
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 0 17 1955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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