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- PDB-1sbs: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTI-HCG FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sbs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTI-HCG FAB
要素(MONOCLONAL ANTIBODY 3A2) x 2
キーワードMONOCLONAL ANTIBODY / FAB-FRAGMENT / REPRODUCTION
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fotinou, C. / Beauchamp, J. / Emsley, P. / Dehaan, A. / Schielen, W.J.G. / Bos, E. / Isaacs, N.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Structure of an Fab fragment against a C-terminal peptide of hCG at 2.0 A resolution.
著者: Fotinou, C. / Beauchamp, J. / Emsley, P. / deHaan, A. / Schielen, W.J. / Bos, E. / Isaacs, N.W.
履歴
登録1998年4月8日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MONOCLONAL ANTIBODY 3A2
L: MONOCLONAL ANTIBODY 3A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6553
ポリマ－48,5592
非ポリマー961
水17,006944
1
H: MONOCLONAL ANTIBODY 3A2
L: MONOCLONAL ANTIBODY 3A2
ヘテロ分子

H: MONOCLONAL ANTIBODY 3A2
L: MONOCLONAL ANTIBODY 3A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3106
ポリマ－97,1184
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+5/31
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 74.800, 198.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY 3A2


分子量: 24131.965 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA CELL / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1042226
#2: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY 3A2


分子量: 24426.975 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA CELL / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1407830
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21 Mammonium sulfate1drop
32 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 43925 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93
反射
*PLUS
Num. measured all: 174451
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
ROTAVATA/AGROVATAデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IGF

1igf


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: POSITIONAL REFINEMENT WITH X-PLOR. R_CRYS=36%, R_FREE=41%. UNRESTRAINED B-FACTOR REFINEMENT USING SFALL. R_CRYS=23.8%, R_FREE=33.8%. THE REFINEMENT CONTINUED USING ONLY REFMAC. R_CRYS=18.2%, ...詳細: POSITIONAL REFINEMENT WITH X-PLOR. R_CRYS=36%, R_FREE=41%. UNRESTRAINED B-FACTOR REFINEMENT USING SFALL. R_CRYS=23.8%, R_FREE=33.8%. THE REFINEMENT CONTINUED USING ONLY REFMAC. R_CRYS=18.2%, R_FREE=24.1% THE SEARCHING FOR WATER POSITIONS WAS PERFORMED USING ARP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1354 3.08 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 43856 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3411 0 5 944 4360
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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