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- PDB-1saz: Membership in the ASKHA Superfamily: Enzymological Properties and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1saz
タイトルMembership in the ASKHA Superfamily: Enzymological Properties and Crystal Structure of Butyrate Kinase 2 from Thermotoga maritima
要素Probable butyrate kinase 2
キーワードTRANSFERASE / ASKHA (ACETATE AND SUGAR KINASES / HSC70 / ACTIN) SUPERFAMILY / BUTYRATE KINASE / ACETATE KINASE / ISOBUTYRATE KINASE / TWO SIMILAR DOMAINS / AMPPCP / BUTYRATE / ISOBUTYRATE / DISULFIDE BOND / ENZYME MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


butyrate kinase / butyrate kinase activity / acetate kinase activity / acetate metabolic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Butyrate kinase / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / FORMIC ACID / Probable butyrate kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Diao, J. / Cooper, D.R. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of butyrate kinase 2 from Thermotoga maritima, a member of the ASKHA superfamily of phosphotransferases.
著者: Diao, J. / Hasson, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization of Butyrate Kinase 2 from Thermotoga Maritima Mediated by Vapour Diffusion of Acetic Acid
著者: Diao, J.S. / Cooper, D.R. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
履歴
登録2004年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1877
ポリマ－43,4751
非ポリマー7126
水1,13563
1
A: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,49856
ポリマ－347,8008
非ポリマー5,69848
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)197.685, 197.685, 58.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-467-

HOH

詳細The biological assembly is an octamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -X,-Y,Z; -Y,X,Z; Y,-X,Z; -X,Y,-Z; X,-Y,-Z; Y,X,-Z; and -Y,-X,-Z

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要素

#1: タンパク質 Probable butyrate kinase 2 / BK 2 / Branched-chain carboxylic acid kinase 2


分子量: 43474.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: BUK2, TM1756 / プラスミド: pET30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 MET- (DE3) / 参照: UniProt: Q9X278, butyrate kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: n-octyl-beta-D-glucoside, Tris-HCl pH 8.5, NaCl, DTT, glycerol, ADP, MgCl2, isobutyrate, sodium formate, acetate. AMPPCP, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9799, 0.9796, 0.9574
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97991
20.97961
30.95741
反射解像度: 2.5→98 Å / Num. obs: 17673 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 1296 / Rsym value: 0.567 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2212443.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1770 10.2 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs-17670 85.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2958 0 32 75 3065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 128 10.9 %
Rwork0.336 1048 -
obs--59.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACP_XPLOR_PAR.TXTACP_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION5LIGAND.PARLIGAND.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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