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万見
- PDB-1sax: Three-dimensional structure of s.aureus methicillin-resistance re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sax
タイトルThree-dimensional structure of s.aureus methicillin-resistance regulating transcriptional repressor meci in complex with 25-bp ds-DNA
要素
  • 5'-d(CAAAATTACAACTGTAATATCGGAG)-3'
  • 5'-d(GCTCCGATATTACAGTTGTAATTTT)-3'
  • Methicillin resistance regulatory protein mecI
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / winged helix-turn-helix / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Penicillinase repressor fold / Penicillinase repressor domain / BlaI transcriptional regulatory family / Penicillinase repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Methicillin resistance regulatory protein MecI / Methicillin resistance regulatory protein MecI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garcia-Castellanos, R. / Mallorqui-Fernandez, G. / Marrero, A. / Potempa, J. / Coll, M. / Gomis-Ruth, F.X.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: On the transcriptional regulation of methicillin resistance: MecI repressor in complex with its operator
著者: Garcia-Castellanos, R. / Mallorqui-Fernandez, G. / Marrero, A. / Potempa, J. / Coll, M. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional structure of MecI. Molecular basis for transcriptional regulation of staphylococcal methicillin resistance
著者: Garcia-Castellanos, R. / Marrero, A. / Mallorqui-Fernandez, G. / Potempa, J. / Coll, M. / Gomis-Rueth, F.X.
履歴
登録2004年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-d(GCTCCGATATTACAGTTGTAATTTT)-3'
D: 5'-d(CAAAATTACAACTGTAATATCGGAG)-3'
A: Methicillin resistance regulatory protein mecI
B: Methicillin resistance regulatory protein mecI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0165
ポリマ－44,9774
非ポリマー391
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.600, 133.600, 54.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-124-

K

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(GCTCCGATATTACAGTTGTAATTTT)-3'


分子量: 7653.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MecI operator sequence
#2: DNA鎖 5'-d(CAAAATTACAACTGTAATATCGGAG)-3'


分子量: 7699.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MecI operator sequence
#3: タンパク質 Methicillin resistance regulatory protein mecI / Methicillin repressor MecI / mecI


分子量: 14812.003 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / 遺伝子: mecI / プラスミド: pProEX Hta (Invitrogen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P68262, UniProt: P68261*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 8000, magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2MgCl211
3PEG 800012
4MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: liq. N2 cooled Si-111 double monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.7 Å / Num. all: 14087 / Num. obs: 13777 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 86.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
精密化開始モデル: 1OKR

1okr


解像度: 2.8→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 16.874 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.501 / ESU R Free: 0.39
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27601 898 6.5 %RANDOM
Rwork0.21199 ---
all0.21624 13775 --
obs0.21624 12877 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å2-1.05 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 1019 1 37 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9382.3734561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5125238
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7651.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48821946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61332064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5394.52615
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.441 68
Rwork0.358 888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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