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万見
- PDB-1s9h: Crystal Structure of Adeno-associated virus Type 2 Rep40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9h
タイトルCrystal Structure of Adeno-associated virus Type 2 Rep40
要素Rep 40 protein
キーワードREPLICATION / Helicase / AAA+ protein / P-loop / Walker A / Walker B / Sensor 1
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #950 / Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #950 / Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者James, J.A. / Escalante, C.R. / Yoon-Robarts, M. / Edwards, T.A. / Linden, R.M. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the SF3 Helicase from Adeno-Associated Virus Type 2
著者: James, J.A. / Escalante, C.R. / Yoon-Robarts, M. / Edwards, T.A. / Linden, R.M. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2004年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rep 40 protein
B: Rep 40 protein
C: Rep 40 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5953
ポリマ－90,5953
非ポリマー00
水6,431357
1
A: Rep 40 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1981
ポリマ－30,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rep 40 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1981
ポリマ－30,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rep 40 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1981
ポリマ－30,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.294, 126.294, 97.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Rep 40 protein / DNA replication protein / non-capsid protein


分子量: 30198.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
属: Dependovirus / 遺伝子: REP / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLySS / 参照: GenBank: 2906019, UniProt: P03132*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Sodium acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11091
21091
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9812, 0.9810, 0.9583
シンクロトロンNSLS X6A20.9786
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 41CCD
ADSC QUANTUM 42CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98121
20.9811
30.95831
40.97861
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 35212 / Num. obs: 35212 / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 186063.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2930 9.9 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 29685 85.5 %-
all-29685 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6519 Å2 / ksol: 0.32412 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å28.43 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----2.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5606 0 0 357 5963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 409 9.8 %
Rwork0.321 3779 -
obs--72.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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