PDB-1s8g: Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s8g

タイトル

Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon contortrix laticinctus, fatty acid bound form

要素

Phospholipase A2 homolog

キーワード

hydrolase / toxin / Lys49-Phospholipase A2 / snake venom / myotoxicity / fatty acid bound form

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Agkistrodon contortrix laticinctus (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ambrosio, A.L.B. / de Souza, D.H.F. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Ownby, C.L. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A Molecular Mechanism for Lys49-Phospholipase A2 Activity Based on Ligand-induced Conformational Change.
著者: Ambrosio, A.L.B. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Arni, R. / Ward, R.J. / Ownby, C.L. / de Souza, D.H.F. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2004年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s8g.cif.gz	40.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s8g.ent.gz	27.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s8hC 1s8iC 1ppaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zl7-d 1poa-d 1kqu-d 3u8d-2 4uy1-2 1yxl-d 6al3-3 1sz8-d 5g3n-2 1umv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase A2 homolog

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.897, 81.897, 49.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phospholipase A2 homolog / Myotoxin 分子量: 14049.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Snake venom protein 由来: (天然) Agkistrodon contortrix laticinctus (ヘビ) 生物種: Agkistrodon contortrix / 株: laticinctus / 参照: UniProt: P49121, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.64 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: cacodylate, ammonium sulfate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	30 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
2	0.1 M	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.5
3	0.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
4	10 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.544 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月11日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.544 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→57.3 Å / Num. all: 7960 / Num. obs: 7960 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.118 / R_sym value: 0.118
反射シェル	解像度: 2.3→2.41 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.118 / % possible all: 99.7
反射	PLUS Num. measured all*: 101833
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.36 Å / % possible obs: 99.7 % / R_merge(I) obs*: 0.382

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PPA

1ppa

解像度: 2.3→57.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 6.687 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24721	356	4.6 %	RANDOM
R_work	0.20457	-	-	-
obs	0.20663	7387	97.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→57.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	972	0	25	78	1075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.929	1.977	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.726	3	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.673	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.225	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.247	1.5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.491	2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.672	3	405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.169	4.5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.407	19
R_work	0.276	549

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2578	-0.1258	0.2931	1.3312	0.3957	1.7	0.0185	-0.1498	0.1209	-0.0415	0.1265	0.0019	0.0907	0.2051	-0.145	0.0603	0.0332	0.0334	0.0659	-0.0247	0.0704	19.4229	36.288	4.057
2	62.286	-252.4038	114.3531	-89.4631	86.6442	160.3429	-0.2172	2.4293	3.3603	-5.3871	1.8011	0.4523	-0.2113	-0.5836	-1.584	0.1126	0.0316	-0.0046	0.1314	-0.0161	0.1131	17.8181	24.8501	10.3195
3	-10.8733	-28.056	95.7581	74.9259	-147.2043	52.4348	-1.1637	2.0714	-0.1027	-1.7352	-4.7061	-2.9127	3.4227	1.8391	5.8697	0.1311	0.0162	-0.0004	0.1203	-0.0268	0.1228	23.1617	35.0175	-1.809
4	69.9183	35.1226	380.9407	551.8273	-216.8514	245.0231	-0.0868	0.781	0.2091	1.7353	-0.1831	2.9098	0.2815	2.3546	0.2699	0.1206	-0.0011	0.0116	0.1246	0.0077	0.1306	20.9699	30.3502	1.9366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 133	1 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	B	134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	C	135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	D	136

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / R_factor R_free: 0.247 / R_factor R_work: 0.205

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	0.929

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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