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万見
- PDB-1s6y: 2.3A crystal structure of phospho-beta-glucosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s6y
タイトル2.3A crystal structure of phospho-beta-glucosidase
要素6-phospho-beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-phospho-beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Tereshko, V. / Dementieva, I. / Kim, Y. / Collat, F. / Joachimiak, A. / Kossiakoff, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.3A CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHO-BETA-GLUCOSIDASE, licH Gene Product from BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
著者: Tereshko, V. / Dementieva, I. / Kim, Y. / Collat, F. / Joachimiak, A. / Kossiakoff, A.
履歴
登録2004年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN HAS NOT YET BEEN DEPOSITED IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASE. ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN HAS NOT YET BEEN DEPOSITED IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES -2 TO 0 ARE CLONING ARTIFACTS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phospho-beta-glucosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0661
ポリマ－50,0661
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.314, 82.504, 83.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222

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要素

#1: タンパク質 6-phospho-beta-glucosidase


分子量: 50065.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: licH / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84135, 6-phospho-beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9808 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 18209 / Num. obs: 18209 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.343 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 15.961 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.437 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25103 905 5 %RANDOM
Rwork0.19403 ---
obs0.19682 17294 94.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3223 0 0 140 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9684460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01237246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9455413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68624.113141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.11815583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9861523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.23098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21871
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6661.52600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3351.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93923331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22931376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6564.51129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.307→2.366 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.302 60
Rwork0.223 1188
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3202 Å / Origin y: 22.7124 Å / Origin z: 22.1852 Å
111213212223313233
T-0.0135 Å2-0.0265 Å2-0.0078 Å2--0.0575 Å2-0.0437 Å2---0.0163 Å2
L0.5646 °2-0.2037 °20.3297 °2-0.6957 °2-0.3824 °2--0.9289 °2
S0.0618 Å °0.0834 Å °-0.1466 Å °-0.0368 Å °0.0128 Å °0.1224 Å °0.2251 Å °-0.0902 Å °-0.0746 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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