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- PDB-1s6o: Solution structure and backbone dynamics of the apo-form of the s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s6o
タイトルSolution structure and backbone dynamics of the apo-form of the second metal-binding domain of the Menkes protein ATP7A
要素Copper-transporting ATPase 1
キーワードHYDROLASE / copper homeostasis / metal transport / Menkes / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


epinephrine metabolic process / negative regulation of catecholamine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / cerebellar Purkinje cell differentiation / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / P-type divalent copper transporter activity ...epinephrine metabolic process / negative regulation of catecholamine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / cerebellar Purkinje cell differentiation / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / P-type divalent copper transporter activity / copper ion import / glycoprotein biosynthetic process / copper ion transmembrane transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion export / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / regulation of oxidative phosphorylation / catecholamine metabolic process / copper ion transport / serotonin metabolic process / trans-Golgi network transport vesicle / melanosome membrane / detoxification of copper ion / pyramidal neuron development / norepinephrine metabolic process / T-helper cell differentiation / cartilage development / collagen fibril organization / lung alveolus development / hair follicle morphogenesis / skin development / dendrite morphogenesis / pigmentation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / blood vessel development / central nervous system neuron development / dopamine metabolic process / cuprous ion binding / Ion transport by P-type ATPases / blood vessel remodeling / intracellular copper ion homeostasis / ATP metabolic process / extracellular matrix organization / removal of superoxide radicals / release of cytochrome c from mitochondria / neuron projection morphogenesis / trans-Golgi network membrane / mitochondrion organization / locomotory behavior / trans-Golgi network / establishment of localization in cell / neuron cellular homeostasis / phagocytic vesicle membrane / late endosome / regulation of gene expression / early endosome membrane / neuron apoptotic process / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / copper ion binding / axon / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained energy minimization
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Del Conte, R. / D'Onofrio, M. / Rosato, A. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure and Backbone Dynamics of the Cu(I) and Apo Forms of the Second Metal-Binding Domain of the Menkes Protein ATP7A.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Del Conte, R. / D'Onofrio, M. / Rosato, A.
履歴
登録2004年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4601
ポリマ－8,4601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 200target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein


分子量: 8459.984 Da / 分子数: 1 / 断片: Second soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A, MNK, MC1 / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111[1H-1H]-NOESY
12313C-NOESY-HSQC
13215N-NOESY-HSQC
142HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM protein, pH 790% H2O/10% D2O
21 mM protein U-15N, pH 790% H2O/10% D2O
31 mM protein U-15N,13C, pH 790% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: phosphate 100 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: restrained energy minimization / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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