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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s6b | |||||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of a Complex Formed Between Two Homologous Isoforms of Phospholipase A2 from Naja naja sagittifera: Principle of Molecular Association and Inactivation | |||||||||
![]() | (Phospholipase A2 isoform ...) x 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Phospholipase A2 / molecular conformation / enzyme activity | |||||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jabeen, T. / Sharma, S. / Singh, R.K. / Kaur, P. / Singh, T.P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a calcium-induced dimer of two isoforms of cobra phospholipase A2 at 1.6 A resolution. 著者: Jabeen, T. / Sharma, S. / Singh, N. / Singh, R.K. / Kaur, P. / Perbandt, M. / Betzel, C.h. / Srinivasan, A. / Singh, T.P. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of an Acidic Phospholipase A2 from Naja Naja Sagittifera at 1.5 A Resolution 著者: Singh, R.K. / Sharma, S. / Jabeen, T. / Kaur, P. / Singh, T.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 395.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 400.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pshS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Phospholipase A2 isoform ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 13220.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13288.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 360分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: calcium chloride, tris, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月11日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 27946 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 26 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 97.3 | |||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 500751 / Rmerge(I) obs: 0.043 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PSH 解像度: 1.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: USED CONJUGATE DIRECTION METHOD
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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