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- PDB-1s5u: Crystal Structure of Hypothetical Protein EC709 from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s5u
タイトルCrystal Structure of Hypothetical Protein EC709 from Escherichia coli
要素Protein ybgC
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / Hypothetical protein / Thioesterase fold / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


thiolester hydrolase activity / fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tol-Pal system-associated acyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / : / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily ...Tol-Pal system-associated acyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / : / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Protein EC709 from Escherichia coli
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A.
履歴
登録2004年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ybgC
B: Protein ybgC
C: Protein ybgC
D: Protein ybgC
E: Protein ybgC
F: Protein ybgC
G: Protein ybgC
H: Protein ybgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,83425
ポリマ－127,3718
非ポリマー1,46317
水13,475748
1
A: Protein ybgC
B: Protein ybgC
C: Protein ybgC
D: Protein ybgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,38612
ポリマ－63,6854
非ポリマー7018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
2
E: Protein ybgC
F: Protein ybgC
G: Protein ybgC
H: Protein ybgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,44813
ポリマ－63,6854
非ポリマー7639
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
3
A: Protein ybgC
B: Protein ybgC
C: Protein ybgC
D: Protein ybgC
ヘテロ分子

E: Protein ybgC
F: Protein ybgC
G: Protein ybgC
H: Protein ybgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,83425
ポリマ－127,3718
非ポリマー1,46317
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area19850 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area44680 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18630 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area45900 Å2
手法PISA
5
A: Protein ybgC
B: Protein ybgC
C: Protein ybgC
D: Protein ybgC
ヘテロ分子

E: Protein ybgC
F: Protein ybgC
G: Protein ybgC
H: Protein ybgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,83425
ポリマ－127,3718
非ポリマー1,46317
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area21470 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area43060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.108, 70.187, 71.525
Angle α, β, γ (deg.)103.47, 95.15, 97.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細tetramer:There are two tetramers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Protein ybgC / Hypothetical Protein EC709


分子量: 15921.326 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: YBGC, B0736, C0815, Z0904, ECS0771, SF0561, S0574
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P0A8Z3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: ammonium sulfate, sodium cacodylate, sodium chloride, ethylene glycol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28, 0.9795, 0.9793, 0.956
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月18日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.281
20.97951
30.97931
40.9561
反射解像度: 1.7→23.64 Å / Num. all: 105882 / Num. obs: 102856 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.28 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 3.34 / % possible all: 46.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→23.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 778265.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 10122 10 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.203 115913 --
obs0.2 100881 86.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5806 Å2 / ksol: 0.384944 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.09 Å2-3.66 Å2-2.73 Å2
2---1.09 Å21.62 Å2
3---3.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8488 0 80 748 9316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.82.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 899 9.8 %
Rwork0.264 8231 -
obs-8231 46.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGAND.PARAMLIGAND.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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