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- PDB-1s4y: Crystal structure of the activin/actrIIb extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s4y
タイトルCrystal structure of the activin/actrIIb extracellular domain
要素
  • Activin receptor type IIB precursor
  • Inhibin beta A chain
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Activin / activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / enzyme activator complex / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / inhibin binding / positive regulation of ovulation / GABAergic neuron differentiation ...Signaling by Activin / activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / enzyme activator complex / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / inhibin binding / positive regulation of ovulation / GABAergic neuron differentiation / activin receptor activity, type II / Antagonism of Activin by Follistatin / Signaling by BMP / TGFBR3 regulates activin signaling / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / type II activin receptor binding / progesterone secretion / lymphatic endothelial cell differentiation / striatal medium spiny neuron differentiation / positive regulation of activin receptor signaling pathway / Glycoprotein hormones / activin receptor activity / negative regulation of macrophage differentiation / venous blood vessel development / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / hemoglobin biosynthetic process / lymphangiogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / activin receptor complex / embryonic foregut morphogenesis / negative regulation of phosphorylation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to cholesterol / pattern specification process / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / activin binding / Signaling by BMP / mesodermal cell differentiation / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / Signaling by Activin / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / kinase activator activity / gastrulation with mouth forming second / cellular response to angiotensin / pancreas development / odontogenesis / skeletal system morphogenesis / determination of left/right symmetry / insulin secretion / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / anterior/posterior pattern specification / organ growth / response to aldosterone / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / eyelid development in camera-type eye / endodermal cell differentiation / mesoderm development / growth factor binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / peptide hormone binding / negative regulation of type II interferon production / hair follicle development / blood vessel remodeling / positive regulation of collagen biosynthetic process / regulation of signal transduction / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to glucose / positive regulation of bone mineralization / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of erythrocyte differentiation / post-embryonic development / erythrocyte differentiation / kidney development / skeletal system development / cytokine activity / lung development / growth factor activity / negative regulation of cell growth / cellular response to growth factor stimulus / hormone activity / cytokine-mediated signaling pathway / defense response / autophagy / male gonad development / cell-cell signaling / heart development / nervous system development / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Inhibin, beta A subunit / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal ...Inhibin, beta A subunit / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibin beta A chain / Activin receptor type-2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Greenwald, J. / Vega, M.E. / Allendorph, G.P. / Fischer, W.H. / Vale, W. / Choe, S. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: A Flexible Activin Explains the Membrane-Dependent Cooperative Assembly of TGF-beta Family Receptors.
著者: Greenwald, J. / Vega, M.E. / Allendorph, G.P. / Fischer, W.H. / Vale, W. / Choe, S.
履歴
登録2004年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type IIB precursor
B: Inhibin beta A chain
C: Activin receptor type IIB precursor
D: Inhibin beta A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1314
ポリマ－49,1314
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.290, 120.627, 43.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Activin receptor type IIB precursor / ACTR-IIB


分子量: 11573.676 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ACVR2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27040, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質 Inhibin beta A chain / Activin beta-A chain / Erythroid differentiation protein / EDF


分子量: 12991.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INHBA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08476
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, bis tris, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月21日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 19028 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.047
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rsym value: 0.213 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 8.367 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28615 988 5.2 %RANDOM
Rwork0.20611 ---
obs0.21021 18101 91.58 %-
all-18101 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3102 0 0 177 3279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0213195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3851.9284326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10936090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2645385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.23072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.21908
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2520.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3780.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.51946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08623099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37831249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0374.51227
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 69
Rwork0.222 1262
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.58250.8426-0.96676.798-1.30695.70080.1324-0.4428-0.15570.2414-0.195-0.49410.11040.7250.06270.03920.05420.05160.28760.05760.096330.719127.3673-1.8856
21.33980.1686-1.63450.19930.070910.48590.1986-0.20730.1110.2048-0.07310.0726-0.3839-0.1986-0.12540.1624-0.03690.02420.1430.0230.121612.859232.050217.3911
37.6593-0.16981.5677.89980.09464.43530.04690.4369-0.4348-0.23610.079-0.2023-0.0837-0.0132-0.12590.105-0.07540.03550.0762-0.0330.174731.341261.816327.092
410.80687.57384.86587.62293.24542.77520.0842-0.0390.2878-0.2309-0.0510.3190.0779-0.3463-0.03310.2827-0.0882-0.02310.28710.04670.234711.214547.615723.9236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 955 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1162 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 984 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4DD4 - 1164 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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