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万見
- PDB-1s45: Crystal structure analysis of the DNA quadruplex d(TGGGGT) S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s45
タイトルCrystal structure analysis of the DNA quadruplex d(TGGGGT) S1
要素5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / QUADRUPLEX DNA / THYMINE TRIADS / THALLIUM
機能・相同性THALLIUM (I) ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Caceres, C. / Wright, G. / Gouyette, C. / Parkinson, G. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: A Thymine tetrad in d(TGGGGT) quadruplexes stabilized with Tl+1/Na+1 ions
著者: Caceres, C. / Wright, G. / Gouyette, C. / Parkinson, G. / Subirana, J.A.
履歴
登録2004年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
E: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,31616
ポリマ－15,0428
非ポリマー1,2748
水2,018112
1
A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3639
ポリマ－7,5214
非ポリマー8425
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9537
ポリマ－7,5214
非ポリマー4323
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.259, 35.410, 32.057
Angle α, β, γ (deg.)83.73, 61.78, 76.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 1880.251 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Tetrahymena
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, sodium cacodylate, magnesium chloride, spermine tetrahydrochlorhide, thallium acetate, lysine-anthraquinone, d(TGGGGT), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3magnesium chloride11
4spermine tetrahydrochlorhide11
5thallium acetate11
6lysine-anthraquinone11
7H2O11
8sodium cacodylate12
9magnesium chloride12
10thallium acetate12
11H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMsodium cacodylate1droppH6.5
230 mM1dropMgCl2
31 mMspermine 4HCl1drop
40.25 mMThallium acetate1drop
520000 nMlysine-anthraquinone1drop
60.5 mMd(TGGGGT)1drop
760 mM1reservoirMgCl2
810 %MPD1reservoir
91
101
111

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.917 / 波長: 0.9800, 0.9772, 0.9076
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9171
20.981
30.97721
40.90761
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 5055 / 冗長度: 3.16 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Num. unique all: 455 / % possible all: 83.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93.5 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY UDF036

解像度: 2.2→18.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 279248.41 / Data cutoff high rms absF: 279248.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 503 10.7 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.195 5055 --
obs0.173 4721 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.0896 Å2 / ksol: 0.370837 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20.52 Å2-1.96 Å2
2---4.5 Å20 Å2
3---4.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 966 8 112 1086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.952.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 63 10 %
Rwork0.24 567 -
obs--69.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 9.3 % / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0039
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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