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万見
- PDB-1s3o: Human mitochondrial single strand DNA binding protein (hmSSB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s3o
タイトルHuman mitochondrial single strand DNA binding protein (hmSSB)
要素Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OB fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of helicase activity / positive regulation of mitochondrial DNA replication / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / : / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / enzyme activator activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding ...positive regulation of helicase activity / positive regulation of mitochondrial DNA replication / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / : / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / enzyme activator activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / DNA replication / mitochondrial matrix / chromatin binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Venclovas, C. / Ginalski, K. / Kang, C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Sequence-structure mapping errors in the PDB: OB-fold domains
著者: Venclovas, C. / Ginalski, K. / Kang, C.
履歴
登録2004年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
B: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4322
ポリマ－30,4322
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.83, 51.83, 184.24
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial / Mt-SSB / MtSSB / PWP1-interacting protein 17


分子量: 15216.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04837
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: yale mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 9790 / Num. obs: 9017 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.47→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 150 -
obs0.191 9017 92.1 %
all-9097 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 0 21 1753

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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