PDB-1s31: Crystal Structure Analysis of the human Tub protein (isoform a) s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s31

タイトル

Crystal Structure Analysis of the human Tub protein (isoform a) spanning residues 289 through 561

要素

tubby isoform a

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BETA BARREL / HYDROPHOBIC HELIX / HYDROPHOBIC CORE

機能・相同性

機能・相同性情報

intraciliary transport particle A binding / protein localization to photoreceptor outer segment / receptor localization to non-motile cilium / intraciliary transport / phagocytosis, recognition / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein localization to cilium / photoreceptor cell maintenance / positive regulation of phagocytosis / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.704 Å

データ登録者

Boutboul, S. / Carroll, K.J. / Basdevant, A. / Gomez, C. / Nandrot, E. / Clement, K. / Shapiro, L. / Abitbol, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A novel human obesity and sensory deficit syndrome resulting from a mutation in the TUB gene
著者: Boutboul, S. / Carroll, K.J. / Basdevant, A. / Gomez, C. / Nandrot, E. / Clement, K. / Shapiro, L. / Abitbol, M.

履歴

登録	2004年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s31.cif.gz	71.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s31.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1s31_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s31_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	1s31_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	1s31_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c8zS 1i7e S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lbf-d 1zsw-d 5cvt-d 2hbt-d 4zjy-d 2fwa-d 4ycj-d 4zqm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tubby isoform a

ヘテロ分子

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: tubby isoform a

ヘテロ分子

A: tubby isoform a

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.981, 149.981, 149.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	tubby isoform a 分子量: 30798.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: tub / プラスミド: pSMT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P50607
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.05 %
結晶化	温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 400, 5mM Magnesium Chloride, 100mM Sodium Acetate, 15mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.2K, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9814 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月23日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9814 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 15560 / Num. obs: 15503 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 30.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 1511 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 31.7 / Cor.coef. F_o:F_c: 72.5

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	8 Å
Translation	4 Å	8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE	CCP4 4.2	位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C8Z

1c8z

解像度: 2.704→18.474 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 14.137 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.312 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	767	4.967 %	Random
R_work	0.1814	-	-	-
obs	0.1836	14674	100 %	-
all	-	14674	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.802 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.704→18.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	10	90	2238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	Bond distances: refined atoms	0.017	0.022	2189
X-RAY DIFFRACTION	Bond distances: others	0.001	0.02	1976
X-RAY DIFFRACTION	Bond angles : refined atoms	1.612	1.944	2959
X-RAY DIFFRACTION	Bond angles : others	0.899	3	4600
X-RAY DIFFRACTION	Torsion angles, period 1. refined	7.722	5	271
X-RAY DIFFRACTION	Torsion angles, period 2. refined	35.395	23.922	102
X-RAY DIFFRACTION	Torsion angles, period 3. refined	20.368	15	373
X-RAY DIFFRACTION	Torsion angles, period 4. refined	21.636	15	17
X-RAY DIFFRACTION	Chiral centres: refined atoms	0.099	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	Planar groups: refined atoms	0.005	0.02	2434
X-RAY DIFFRACTION	Planar groups: others	0.001	0.02	441
X-RAY DIFFRACTION	VDW repulsions: refined atoms	0.226	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	VDW repulsions: others	0.2	0.2	1985
X-RAY DIFFRACTION	VDW; torsion: refined atoms	0.184	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	VDW; torsion: others	0.095	0.2	1379
X-RAY DIFFRACTION	HBOND: refined atoms	0.146	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	VDW repulsions; symmetry: refined atoms	0.271	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	VDW repulsions; symmetry: others	0.282	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	HBOND; symmetry: refined atoms	0.121	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	M. chain bond B values: refined atoms	1.08	1.5	1384
X-RAY DIFFRACTION	M. chain bond B values: others	0.138	1.5	550
X-RAY DIFFRACTION	M. chain angle B values: refined atoms	1.903	2	2200
X-RAY DIFFRACTION	M. chain angle B values: others	0.948	2	1860
X-RAY DIFFRACTION	S. chain bond B values: refined atoms	1.952	3	889
X-RAY DIFFRACTION	S. chain bond B values: others	0.641	3	1694
X-RAY DIFFRACTION	S. chain angle B values: refined atoms	3.361	4.5	759
X-RAY DIFFRACTION	S. chain angle B values: others	1.468	4.5	2740

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Num. reflection all
2.704-2.7729	0.281	72	0.228	1033	X-RAY DIFFRACTION	1105
2.773-2.8471	0.32	40	0.213	1021	X-RAY DIFFRACTION	1061
2.847-2.9276	0.207	57	0.216	1016	X-RAY DIFFRACTION	1073
2.928-3.0154	0.232	38	0.215	1002	X-RAY DIFFRACTION	1040
3.015-3.1115	0.288	47	0.192	937	X-RAY DIFFRACTION	984
3.111-3.2174	0.253	57	0.192	912	X-RAY DIFFRACTION	969
3.217-3.335	0.23	43	0.189	883	X-RAY DIFFRACTION	926
3.335-3.4665	0.219	39	0.188	862	X-RAY DIFFRACTION	901
3.466-3.6148	0.216	43	0.184	813	X-RAY DIFFRACTION	856
3.615-3.784	0.279	45	0.188	786	X-RAY DIFFRACTION	831
3.784-3.9795	0.233	37	0.183	749	X-RAY DIFFRACTION	786
3.979-4.2087	0.181	40	0.172	723	X-RAY DIFFRACTION	763
4.209-4.4827	0.182	48	0.145	658	X-RAY DIFFRACTION	706
4.483-4.8182	0.237	35	0.142	636	X-RAY DIFFRACTION	671
4.818-5.2426	0.219	20	0.159	589	X-RAY DIFFRACTION	609
5.243-5.8033	0.246	27	0.186	542	X-RAY DIFFRACTION	569
5.803-6.5935	0.289	20	0.211	496	X-RAY DIFFRACTION	516
6.593-7.8298	0.264	23	0.195	418	X-RAY DIFFRACTION	441
7.83-10.1952	0.176	23	0.156	344	X-RAY DIFFRACTION	367
10.195-18.4742	0.149	13	0.179	254	X-RAY DIFFRACTION	267

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 121.874 Å / Origin y: 21.189 Å / Origin z: 73.111 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0595 Å²	-0.0229 Å²	-0.0135 Å²	-	0.0593 Å²	-0.0334 Å²	-	-	0.1429 Å²
L	1.5789 °²	0.9031 °²	0.1422 °²	-	2.8262 °²	-0.349 °²	-	-	0.7035 °²
S	-0.0774 Å °	-0.0139 Å °	0.2364 Å °	-0.0491 Å °	0.1017 Å °	0.3134 Å °	-0.1653 Å °	0.0078 Å °	-0.0244 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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