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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s2f | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Average solution structure of a pseudo-5'-splice site from the negative regulator of splicing of Rous Sarcoma virus | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / NRS / U1 snRNP binding site / 5' splice site | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / Simulated annealing. Torsion angle dynamics in refinement. | Model type details | minimized average | ![]() Cabello-Villegas, J. / Giles, K.E. / Soto, A.M. / Yu, P. / Beemon, K.L. / Wang, Y.X. | ![]() ![]() タイトル: Solution structure of the pseudo-5' splice site of a retroviral splicing suppressor. 著者: Cabello-Villegas, J. / Giles, K.E. / Soto, A.M. / Yu, P. / Mougin, A. / Beemon, K.L. / Wang, Y.X. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7350.335 Da / 分子数: 1 / 断片: Pseudo 5'-splice site / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Exchangeable proton spectra collected at 15 Celsius |
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試料調製
詳細 | 内容: RNA Residues 907-929 from NRS (NRS23) / 溶媒系: 10 mM Sodium Phosphate, 25 mM NaCl, pH 6.5 |
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試料状態 | イオン強度: 25 mM NaCl, 10 mM NaPi / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing. Torsion angle dynamics in refinement. ソフトェア番号: 1 詳細: 100 structurews were calculated, the minimized average from the 15 lowest energy structures is presented. Constraints used: 423 distance, 63 torsion angle, 117 orientation (RDC). The DELPIC ...詳細: 100 structurews were calculated, the minimized average from the 15 lowest energy structures is presented. Constraints used: 423 distance, 63 torsion angle, 117 orientation (RDC). The DELPIC database was employed in the refinement as follows: torsion angle database active for all residues, base-base positional database active for residues 907-912, 914-916, and 921-929. DELPHIC database reference: Clore, G.M. Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 125: 1518-1525 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |