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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s21 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AvrPphF ORF2, A Type III Effector from P. syringae | ||||||
要素 | ORF2 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / PREDOMINANTLY BETA-STRAND | ||||||
機能・相同性 | Type III effector HopF2 / AvrPphF-ORF-2 / ORF2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Singer, A.U. / Desveaux, D. / Betts, L. / Chang, J.H. / Nimchuk, Z. / Grant, S.R. / Dangl, J.K. / Sondek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures of the Type III Effector Protein AvrPphF and Its Chaperone Reveal Residues Required for Plant Pathogenesis 著者: Singer, A.U. / Desveaux, D. / Betts, L. / Chang, J.H. / Nimchuk, Z. / Grant, S.R. / Dangl, J.K. / Sondek, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s21.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s21.ent.gz | 33.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1s21_validation.pdf.gz | 423.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1s21_full_validation.pdf.gz | 425.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1s21_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1s21_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/1s21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/1s21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22050.238 Da / 分子数: 1 / 断片: AvrPphF ORF2 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア) 生物種: Pseudomonas savastanoi / 遺伝子: AvrPphF ORF2 / プラスミド: pProEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL Codon Plus / 参照: UniProt: Q9K2L5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||
検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 16474 / Num. obs: 16442 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 1601 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→19.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1137637.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.1586 Å2 / ksol: 0.358902 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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