PDB-1s1z: Photoactivated chromophore conformation in Photoactive Yellow Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s1z

タイトル

Photoactivated chromophore conformation in Photoactive Yellow Protein (E46Q mutant) from 10 to 500 nanoseconds

要素

Photoactive Yellow Protein

キーワード

PHOTORECEPTOR / room temperature / time-resolved

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Anderson, S. / Srajer, V. / Pahl, R. / Rajagopal, S. / Schotte, F. / Anfinrud, P. / Wulff, M. / Moffat, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Chromophore conformation and the evolution of tertiary structural changes in photoactive yellow protein
著者: Anderson, S. / Srajer, V. / Pahl, R. / Rajagopal, S. / Schotte, F. / Anfinrud, P. / Wulff, M. / Moffat, K.

履歴

登録	2004年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s1z.cif.gz	39.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s1z.ent.gz	30.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/1s1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/1s1z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s1yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hdc-d 1ot6-d 6mkt-d 3ume-d 1s1y-d 5hd3-d 2i9v-d 1t1c-d 6mhi-d 1t1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Photoactive Yellow Protein

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.917, 66.917, 41.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Photoactive Yellow Protein / PYP 分子量: 13887.591 Da / 分子数: 1 / 変異: E46Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 23

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, sodium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	288	1
2	288	1
3	288	1
4	288	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	APS	14-ID-B	1
シンクロトロン	APS	14-ID-B	2
シンクロトロン	APS	14-ID-B	3
シンクロトロン	ESRF	ID09	4

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	IMAGE PLATE	2001年7月8日
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	2001年9月20日
MARRESEARCH	3	IMAGE PLATE	2001年11月18日
MARRESEARCH	4	CCD	2001年12月6日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	LAUE	L	neutron	1
3	LAUE	L	neutron	1
4	LAUE	L	neutron	1

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 13701 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 1.6→1.67 Å / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
LaueView	データスケーリング
LaueView	データ削減
XTALVIEW	精密化
SHELXL-97	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: difference refinement

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.06	685	random
R_work	0.051	-	-
all	0.053	13701	-
obs	0.05	13371	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1140	0	26	106	1272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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